En principio, el Hamiltoniano representa la energía de un sistema. Que quieras o no modelar tu sistema para que tenga energía cinética depende de ti y de lo que necesites. Por ejemplo: considere un átomo con un electrón que se puede aproximar como un sistema de dos niveles (es decir, como sólo su estado básico y un estado excitado).
El estado básico $|g\rangle$ tiene algo de energía $E_0$ y el estado excitado $|e\rangle$ tiene algo de energía $E_0+\Delta E$ siempre eres libre de elegir la energía del estado base como quieras, así que elige $E_0=-\frac{\Delta E}{2}$ y tienes el Hamiltoniano de tu sistema
$$H=\frac{\Delta E}{2}\left(|e\rangle\langle e|-|g\rangle\langle g|\right)=\frac{\Delta E}{2}\begin{pmatrix}-1&0\\0&1\end{pmatrix}=-\frac{\Delta E}{2}\sigma_z $$
con $\sigma_z$ la matriz de Pauli. Este es un Hamiltoniano perfectamente válido (aunque un poco aburrido) que no tiene término cinético, básicamente, has decidido que realmente no te importa la energía cinética del átomo, te interesa el estado del electrón. En la respuesta de Paradoxy se dan Hamiltonianos más interesantes que no modelan grados de libertad cinéticos.
Y como nota, un Hamiltoniano no es más que un operador hermitiano acotado por debajo. No hay, en principio, ningún otro requisito. Se puede tomar cualquier operador hermitiano acotado por debajo y empezar a resolver la ecuación de Schrödinger. Por supuesto, si esto tiene o no algún significado físico es otra historia.
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¡Claro! ¿Has oído hablar del Hamiltoniano de Heisenberg? ¿O el Hamiltoniano de un sistema de espín en un campo magnético?