No es suficiente información. Un simple (y quizás aterrador) contraejemplo es el siguiente: si $X$ es un conjunto no numerable, entonces tanto en las topologías discreta como cocountable, los conjuntos compactos son exactamente los conjuntos finitos. Es aterrador porque estas dos topologías comparten prácticamente ninguna propiedad: una es metrizable (por lo tanto, perfectamente normal), la otra ni siquiera es de Hausdorff; una es Lindelöf, y la otra tiene número de Lindelöf maximal.
No estoy seguro de qué información adicional se requeriría para concluir que dos topologías son iguales. (Voy a pensar más en esto.)
Adición 1
La Hausdorffness no es suficiente. El espacio discreto en $\mathbb{N}$ y el espacio de Arens-Fort son ambos Hausdorff, y los subconjuntos compactos son exactamente los subconjuntos finitos, pero estos espacios no son homeomorfos. (Dado que ambos son numerables, podemos transferir la topología de uno al conjunto subyacente del otro, y los conjuntos compactos serán iguales.)
De hecho, este ejemplo muestra que la normalidad perfecta, la Lindelöfness y la paracompactness no son suficientes.
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Relecionado: es.wikipedia.org/wiki/Espacio_generado_compactamente