Primero de todo, hay FPGAs con interfaces USB, por lo que su premisa es errónea. Sin embargo, tienden a ser de alta gama SoC dispositivos donde la integración es la pena el costo de la prima.
De bajo coste, low-end de los sistemas, generalmente tiene más sentido para casarse con un USB con un microcontrolador separado de gama baja FPGA o CPLD. Tales sistemas tienden a tener un gran componente de software de todos modos, por lo que el uso de hardware dedicado para la CPU y el USB es más eficiente.
El USB interfaz PHY no está integrado en FPGAs porque moderna FPGA de procesos puede manejar de 3.3 V en la mayoría de los (a veces con limitada 5.0 V/S compatibilidad), pero USB PHY requiere plena 5.0 V de entrada y de salida.