Para empezar, no existe el "conjunto de todos los grupos". Lo que se busca es una clase propia, para la que esta pregunta debería ser útil.
En respuesta a la parte sobre $\chi$ siendo inyectiva, esto seguramente no es cierto, ya que muchos grupos tienen el mismo grupo de automorfismo - el grupo trivial y $\mathbb{Z}_2$ para un ejemplo sencillo.
Un interesante documento de Iyer contiene otros numerosos ejemplos de grupos con los mismos grupos de automorfismo, en particular las proposiciones 6.1 - 6.6. También muestra que un grupo simple no abeliano tiene el mismo grupo de automorfismo que su grupo de cobertura.
Además $\chi$ no es sobreyectiva. Por ejemplo, $\mathbb{Z}_p$ no es un grupo de automorfismo de ningún grupo para $p>2$ . (Jack Schmidt lo dice mejor aquí .) Además, no hay ningún grupo $G$ tal que $\text{Aut}(G)$ es un abeliano $p$ -grupo de orden $\leq p^{11}$ para $p>2$ . ( referencia .) También cabe destacar que Iyer demuestra que $S_6$ no es el grupo de automorfismo de ningún grupo finito, y que todo grupo finito aparece como grupo de automorfismo de a lo sumo muchos grupos finitos.
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El conjunto de todos los grupos no existe. Es necesario decir "el clase de todos los grupos".
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Una forma más sencilla de plantear esta pregunta es "¿pueden los grupos no isomorfos tener grupos de automorfismos isomorfos?". La respuesta es "sí pueden", como ilustra Andrea Mori a continuación.
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No, porque me gustaría saber todo lo que pueda sobre $\chi$ . Tal vez alguien lo estudió.
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Relacionados: mathoverflow.net/questions/5635/se-estabiliza-el-automatismo
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Creo que esta pregunta es demasiado vaga, y hay que preguntar algo más concreto.
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¿Quieres saber todo lo que puedas sobre la operación de tomar el grupo de automorfismo de un grupo? Esto es demasiado amplio para este sitio.