Construyendo un modelo promedio a partir de instantáneas de MD

Question

Estoy realizando una simulación de dinámica molecular, y estoy tomando "instantáneas" del sistema a intervalos regulares.

El objetivo es encontrar la geometría preferida de una molécula en solución.

¿Conoce algún software capaz de automatizar hasta cierto punto la superposición de diferentes geometrías, y tal vez de construir una estructura "promedio"?

Answer 1

Esto es posible con el paquete de Python MDTraj. Asumiendo que usted tiene su trayectoria guarda como trajectory.dcd y la topología en topology.pdb:

import mdtraj as md
from mdtraj.geometry.alignment import compute_average_structure

traj = md.load('trajectory.dcd', top='topology.pdb')
average = compute_average_structure(traj.xyz)

Creo que va a RMSD alinear la trayectoria de la primera, pero puede que necesite especificar explícitamente en la primera.

También puede ser que desee comprobar hacia fuera MDAnalysis así, se puede tener una funcionalidad similar. Yo he usado ambos paquetes y ambos están todavía se mantiene activa.