Ha pasado un tiempo desde que estudié química. Ahora, estoy leyendo la documentación de RDKit . En cierto punto, se menciona el término "kekulización". ¿Qué es kekulization (en RDKit, si este no es un término químico estándar)?
Respuesta
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abaooooo34342
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Este es un método para generar alternativas estructuras de Lewis de la misma molécula. Aquí hay dos ejemplos de acumulado tesis doctoral por Sascha Urbaczek[1]:
![Figure 2.1 (from [1]): Two examples for the ambiguities resulting from the description of molecules by valence bond structures. In case of asymmetric substitution at the aromatic ring, the two valence bond structures of example (1) are not identical due to the different locations of the double bonds. The same applies for the three structures in (2) in which both the double bond and the positive formal charge change positions.](https://i.stack.imgur.com/VaBTf.jpg)
Si usted fuera a buscar a la izquierda de la molécula en el panel (1) el uso de una búsqueda de imágenes o una cadena de SONRISAS, puede que se pierda la molécula de la derecha en el panel.
De acuerdo a la RDkit documento citado en la pregunta, el software de forma rutinaria genera la alternativa de la posición de los dobles enlaces, y luego (en un segundo paso, que ellos llaman "aromatización") de las etiquetas el anillo como aromáticos. En el panel (2), hay tres posibles estructuras de Lewis que contribuyen a la estructura real (es decir, de resonancia, de modo que el software tendría que generar todos los tres para ser capaz de buscar estructuras idénticas.
- Urbaczek, Sascha. Un consistente marco de cheminformatics automatizado de cribado virtual. Tel. D. Tesis, Universität Hamburg, Agosto De 2014. URL: http://ediss.sub.uni-hamburg.de/volltexte/2015/7349/; URN: urn:nbn:de:violencia de género:18-73491; PDF a través de la Semántica Erudito
