Como alex mencionado puede configurar otro sitio web en el IIS con el puerto deseado. A continuación, instale la web adaptador y el enlace a ese sitio web.
Sin embargo, usted no tiene que configurar un nuevo servidor de sitio para hacerlo. Usted puede simplemente instalar otra web adaptor y apuntar al mismo sitio. Que es la belleza en los puntos 10.1 y 10.2.
De esta manera usted puede tener diferentes sitios web con distintos puertos, pero apuntando al mismo sitio del servidor. Escribí artículo detallado acerca de web adaptor aquí
http://www.husseinnasser.com/2013/12/arcgis-for-server-web-adaptor.html?m=1