¿Dónde encontrar los compuestos IC50 en una enzima?

Question

Estoy buscando máximos de concentración media inhibitoria (IC50) de los valores de una enzima.

Ya he buscado a través de ChemBL, PubChem y BindingDB. Los tres parecen dar resultados consistentes.

Sin embargo, buscando en la literatura, hay un montón de compuestos que no se encuentran en estas bases de datos. Estos últimos pueden dotar de mayor nivel de la curaduría. Todavía estoy interesado en los datos disponibles en la literatura. Cualquier otro disponible en el repositorio o de minería de texto enfoque va a ser grande.

Answer 1

A mi conocimiento, no existen bases de datos de la acumulación de la mitad de la máxima concentración inhibitoria valores en una enzima ($\mathrm{IC_{50}}$). Según Wikipedia:

La mitad de la máxima concentración inhibitoria ($\mathrm{IC_{50}}$) es una medida de la potencia de una sustancia en la inhibición específica de agentes biológicos o bioquímicos de la función (es decir, una enzima, la célula, el receptor de células, microorganismos, etc.).

$\mathrm{IC_{50}}$ es comúnmente usado como una medida de la antagonista de la droga de la potencia en la investigación farmacológica. Según la FDA, $\mathrm{IC_{50}}$ representa la concentración de una droga que se requiere para el 50% de inhibición in vitro. Es comparable a un $\mathrm{EC_{50}}$ para los fármacos agonistas.

La principal razón para no acumular $\mathrm{IC_{50}}$ valores es su abundancia. Por ejemplo, para un determinado enzima específica, puede haber gran número de inhibidores de la presente. Todos estos inhibidores tienen sus propias $\mathrm{IC_{50}}$ valor. Por lo tanto, si usted necesita para encontrar un $\mathrm{IC_{50}}$ valor de inhibidor específico de una proteína en particular (o enzima) o un receptor o sistema biológico, usted debe buscar en el uso de los nombres del inhibidor y el sistema biológico como palabras clave. Por lo tanto, usted podría encontrar cualquier literatura, que puede tener $\mathrm{IC_{50}}$ valores para trató de combinación.

Por ejemplo, la Galectina-3 es una proteína que es un miembro de la lectina de la familia (proteínas de unión a carbohidratos). La galectina-3 es de aproximadamente $\pu{30 kDa}$, y contiene un carbohidrato de reconocimiento del dominio de unión con cerca de 130 aminoácidos que permiten la unión específica de $\beta$-galactósidos, tales como N-acetyllactosamine (14; el padre de sustrato; $\mathrm{IC_{50}} = \pu{158 \mu M}$ bajo las condiciones; consulte insertar cuadro rojo). Varios derivados de N-acetyllactosamine (15 - 18) han mostrado actividad inhibitoria con diferentes $\mathrm{IC_{50}}$ valores que van desde $13$ a $\pu{31 \mu M}$ (Véase el gráfico siguiente):

Por otra parte, un inhibidor puede ser activo frente a más de uno de los sistemas biológicos con diferentes $\mathrm{IC_{50}}$ valores.

Referencias Relevantes:

1. P. Sörme, B. Kahl-Knutsson, U. Wellmar, B.-G. Magnusson, H. Leffler, U. J. Nilsson, "[12] Diseño y Síntesis de Inhibidores de la Galectina," En los Métodos de la Enzimología, Tomo 363 – Reconocimiento de los Hidratos de carbono en los Sistemas Biológicos, Parte B: Aplicaciones Especiales; Y. C. Lee y R. C. Lee, Eds.; Academic Press: Amsterdam, Los países Bajos, 2003, pp 157-169.
2. P. Sörme, Y. Qian, Por G. Nyholm, H. Leffler, U. J. Nilsson, "Bajo micromolar inhibidores de la galectina-3 sobre un total de 3'-derivatización de N-acetyllactosamine," ChemBio Chem 2002, 3(2-3), 183-189 (https://doi.org/10.1002/1439-7633(20020301)3:2/3<183::AYUDA-CBIC183>3.0.CO;2-%23).
3. J. Hynes, Jr., S. K. Nair, "Capítulo Nueve - Avances en el Descubrimiento de la Pequeño-Molécula IRAK4 Inhibidores," Informes Anuales de la Química Medicinal de 2014, 49(1), 117-133 (https://doi.org/10.1016/B978-0-12-800167-7.00009-2).