En primer lugar, no son realmente arbitrarios.
Pero el punto principal, con respecto a equilibrar las ecuaciones es que: Puedes llevar la cuenta del número total de electrones por especie, que es un valor bien definido. Por ejemplo, para un permanganato ( $\ce{MnO4-}$ ) tienes 25+4*8+1 electrones, por uno $\ce{Mn(II)}$ tienes 23 electrones, por uno de agua tienes 10 electrones, por uno de $\ce{H+}$ tienes 0 electrones. Así que para esta media ecuación, debe tener 5 electrones en el lado izquierdo:
$$\ce{8H+ + MnO4- + 5e- -> Mn(II) + 4H2O}$$
o se puede decir que, aquí asumo que todos los átomos de H son +, todos los oxígenos son -2, y por coherencia, Mn en $\ce{MnO4-}$ es +7. Puedo descartar H y O ya que todos son iguales, y todo el cambio es debido a Mn, que pasa de +7 a +2 y la diferencia es de 5 electrones.
También podrías hacerlo así: O es -4 en todas partes, así que H está en $\ce{H2O}$ debería ser +2 y eran +1 en el lado izquierdo. Donaron 8 electrones. Mn en $\ce{MnO4-}$ debería ser +15 y es +2 en el lado derecho, lo que significa que aceptó 13 electrones. Y la diferencia es de 5 electrones, de nuevo.
Conclusión: Todo es cuestión de coherencia. Si todos los elementos en todas y cada una de las especies suman la carga de esta especie, cualquiera que sea su carga formal, funcionará -porque es otra forma de llevar la cuenta del número total de electrones. Así que es mejor tratar la mayoría de ellos constante como, O es -2, H es +1 casi siempre.
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Esta es una gran pregunta. No termines tus posts con auto-defensa. Las cifras no son exactamente arbitrarias, pero no se basan en fenómenos mensurables. Espero que obtengas una buena respuesta.
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Lo siento; supongo que la forma en que lo planteé no fue la mejor, pero con esa última pregunta me preguntaba si la gente en general simplemente no hace esta pregunta porque no quiere saber la respuesta (posiblemente si no hay una buena respuesta).