Su hipótesis de que
si usted tiene algo así como:
$$\frac{1}{kT}=\left(\frac{\partial S}{\partial E} \right)_{N,V}$$
Y ellos han creado una situación en la que la entropía disminuye con el aumento de la energía.
es exactamente correcto. El concepto negativo de la temperatura absoluta, aunque en un principio contrario a la intuición, es bien conocida. Usted puede encontrar algunos otros ejemplos en Wikipedia.
En tu pregunta dices que la temperatura es de "el promedio de la energía cinética de ... partículas". Estrictamente hablando, esto sólo es cierto para un gas ideal, aunque a menudo una buena aproximación en otros sistemas, siempre y cuando la temperatura no es muy baja. Es un poco más preciso decir que la temperatura es igual a la media de energía por cada grado de libertad en el sistema, sino que es una aproximación demasiado de energía por cada grado de libertad serían $E/S$, mientras que el $T$ es realmente proporcional a $\partial E/\partial S$, como usted dice. Es mucho mejor pensar de $\partial E/\partial S$ como la definición de la temperatura, y la "energía por cada grado de libertad" cosa " como una aproximación que es útil en situaciones de alta temperatura, donde el número de grados de libertad no depende mucho de la energía.
Como Christoph señaló en un comentario, la importancia de que el nuevo resultado es que han logrado negativas de la temperatura mediante dinámicas grados de libertad. Usted puede leer la información completa en este arXiv pre-impresión de los originales en papel, el cual fue publicado en la Ciencia.