La siguiente justificación se basa en material de Johann Cigler de notas de la conferencia, los Capítulos 1 y 3.
La ordinaria de los números de Stirling del segundo tipo se caracteriza por la identidad $$(xD)^n=\sum_k\left\{\matrix{n\\k}\right\}x^kD^k\;,\tag{1}$$ where $D$ is the ordinary differentiation operator. Thus, one approach to defining a $p$-analogue $S_q(n,k)$ is to require that it satisfy the analogue of $(1)$ with $D$ replaced by $D_q$, defined by $$D_qf(x)=\frac{f(qx)-f(x)}{qx-x}$$ and satisfying $$D_qx^n=\frac{(qx)^n-x^n}{(q-1)x}=\frac{q^n-1}{q-1}x^{n-1}=(n)_qx^{n-1}$$ and $$D_qx=qxD_q\;.$$
En otras palabras, uno podría razonablemente definir $S_q(n,k)$ a satisfacer
$$(xD_q)^n=\sum_{k=0}^nS_q(n,k)x^kD_q^k\;.\tag{2}$$
Suponga que $(2)$ mantiene para algunos $n$; a continuación,
$$\begin{align*}
xD_q(xD_q)^n&=\sum_kS_q(n,k)xD_qx^kD_q^k\\
&=\sum_kS_q(n,k)x\Big(q^kx^kD_q+(k)_qx^{k-1}\Big)D_q^k\\
&=\sum_kS_q(n,k)q^kx^{k+1}D_q^{k+1}+\sum_k(k)_qS_q(n,k)x^kD_q^k\\
&=\sum_k\left(S_q(n,k-1)q^{k-1}+(k)_qS_q(n,k)\right)x^kD_q^k\;,
\end{align*}$$
así que si queremos $(2)$ a $n+1$, se debe establecer
$$S_q(n+1,k)=S_q(n,k-1)q^{k-1}+(k)_qS_q(n,k)\;.\tag{3}$$
$(2)$ claramente requiere que $S_q(n,0)=\delta_{n,0}$; no impone ninguna restricción en $S_q(0,k)$$k>0$, pero la configuración de a $0$ es lo más natural y es compatible con $(3)$.