Al hacer la sustitución de $x=2\tan \theta$, usted tiene que tener cuidado para especificar el dominio de $\theta$: la sustitución sólo es válida si $\theta$ tiene un pequeño suficiente dominio para $\tan \theta$ a de ser continuo. El más simple posible elección del dominio es, probablemente, $-\frac{\pi}{2} < \theta < \frac{\pi}{2}$. Tenga en cuenta que el rango de $2\tan \theta$ en este dominio es toda la recta real, por lo que tomar $\theta$ en este dominio no perder ninguna generalidad.
Pero cuando $-\frac{\pi}{2} < \theta < \frac{\pi}{2}$, siempre tenemos $\sec \theta > 0$. Así que, de hecho, si usted hace la elección de este dominio, es siempre cierto que $2 \sec \theta=\sqrt{x^2+4}$, sin ningún signo de problemas.
Es útil pensar acerca de lo que sucede si usted elige un dominio diferente para $\theta$. Si $\sec \theta > 0$ en ese dominio, nada va a cambiar. Si $\sec \theta < 0$ en ese dominio, a continuación,
$$\int \frac{dx}{\sqrt{x^2+4}}=\int \frac{\s^2 \theta \,d\theta}{-\sec \theta}=-\int \sec \theta \,d\theta
$$
debido a $\sqrt{x^2+4}$ es todavía positivo. De modo que la integral en términos de $\theta$ evalúa a $-\ln|\sec \theta +\tan \theta|+C$. Entonces, cuando nos reescribir en términos de $x$, tenemos de nuevo $\sec \theta=-\sqrt{x^2+4}$, por lo que la integral en términos de $x$ es
$$-\ln\left|-\sqrt{x^2+4}+x\right|+C=-\ln\left(\sqrt{x^2+4}-x\right) +C\, ,$$
debido a $\sqrt{x^2+4} > x$ para todos los $x$.
Pero, a continuación,
\begin{align*}
-\ln\left(\sqrt{x^2+4}-x\right)&=\ln\left(\frac{1}{\sqrt{x^2+4}-x}\right)\\
&=\ln\left(\frac{\sqrt{x^2+4}+x}{(\sqrt{x^2+4})^2-x^2}\right)&\text{(multiplying by the conjugate)}\\
&=\ln\frac{\sqrt{x^2+4}+x}{4}\\
&=\ln(\sqrt{x^2+4}+x)-\ln 4 \, .
\end{align*}
Así tenemos el casi el mismo resultado independientemente de dominio se elija, pero el término constante puede ser diferente.