Creo que tu comprensión del término antiderivada es correcta. Una función $F:[a,b] \to \mathbb{R}$ es una antiderivada de $f:[a,b] \to \mathbb{R}$, si es diferenciable y $F'(x) = f(x)$ para todos $x \in [a,b]$.
Entonces, parece que la pregunta es si $f$ tiene una antiderivada, entonces ¿es necesario que la función $x \mapsto |f(x)|$ tenga una antiderivada? Específicamente, ¿existe una función diferenciable $G:[a,b] \to \mathbb{R}$ tal que $G'(x) = |f(x)|$ para todos $x \in [a,b]$?
La respuesta es no - no es necesario.
Un contraejemplo es
$$f(x) = \begin{cases}\cos(x^{-1}), & 0 < x \leqslant 1 \\ 0, & x= 0 \end{cases}$$
Aquí $f$ tiene una antiderivada
$$F(x) = \int_0^x \cos (t^{-1}) \, dt$$
Dado que $f$ es continua en $(0,1]$, tenemos, directamente por el FTC, que $F'(x) = \cos(x^{-1})$ para $0 < x \leqslant 1$. También podemos verificar que $F(0) = 0$ y
$$\tag{*}F'(0) = \lim_{x \to 0} \frac{F(x) - F(0)}{x} = \lim_{x \to 0}\frac{1}{x}\int_0^x \cos (t^{-1}) \, dt = 0 = f(0) $$
Los detalles para derivar el límite (*) se pueden encontrar aquí.
Por otro lado, tenemos
$$g(x) = |f(x)| = \begin{cases}|\cos(x^{-1})|, & 0 < x \leqslant 1 \\ 0, & x= 0 \end{cases}$$
Supongamos que existe una antiderivada $G$ tal que $G'(x) = g(x)$ para todos $x \in [0,1]$. Dado que $g$ es integrable de Riemann (continua excepto en un extremo), se sigue del FTC que
$$G(x) - G(0) = \int_0^x g(t) \, dt$$
Por la continuidad de $g$, claramente tenemos que $G'(x) = |\cos(x^{-1}|$ para $0 < x \leqslant 1$.
Sin embargo,
$$\tag{**}G'(0) = \lim_{x \to 0} \frac{G(x) - G(0)}{x} = \lim_{x \to 0}\frac{1}{x}\int_0^x |\cos (t^{-1})| \, dt = \frac{2}{\pi} \neq 0 = g(0) $$
Los detalles para derivar el límite (**) se pueden encontrar aquí en la respuesta de robjohn.
Esto demuestra que no existe tal antiderivada $G$.
Adicional
La cuestión de la integrabilidad de $f$ es periférica ya que hay funciones integrables de Riemann sin antiderivadas. Además, si tenemos
$$F(x) = \int_{[a,x]} f,$$
como una integral de Lebesgue y $F'(x) = f(x)$ casi en todas partes pero no para cada $x \in [a,b]$, entonces $F$ no califica como una antiderivada.
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Incluso si $f$ es continua, es un poco difícil construir la antiderivada de $|f|$ explícitamente a partir de $F$: primero necesitamos tomar una familia contable de intervalos disjuntos $(a_n,b_n)$ de $[a,b]$ con unión densa (es decir, cada $a_n$ también es $b_m$ y viceversa, excepto posiblemente en los puntos límite $a,b$) tal que $f$ sea positiva, negativa o cero en cada intervalo. Tome una antiderivada de $|f|$ en cada $(a_n,b_n)$ ($F$ o $-F$). Luego, una antiderivada de $|f|$ necesita ser construida por traslados de $F$ y $-F$ de manera paso a paso.
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@SAS: ¿Para aclaración, no estás preguntando si la existencia de $F$ tal que $F'(x) = f(x)$ para todo $x \in [a,b]$ implica que existe $G$ tal que $G'(x) = |f(x)|$ para todo $x \in [a,b]?
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@RRL: Sí, eso es correcto. ¿Algo no estaba claro?