Demasiado para un comentario, pero hay algunas cosas que no veo mencionadas en las respuestas y comentarios existentes. "Natural" y "canónico" tienen significados relacionados pero algo diferentes en matemáticas. Esto no significa que todo el mundo los utilice perfectamente de acuerdo con esos significados. Pero este es un uso común. Empezaré con "natural" primero, y luego traeré "canónico".
El término natural en realidad tiene un significado matemático preciso, definido en la teoría de las categorías. De hecho, La teoría de las categorías se inventó originalmente para definir lo que significa "natural" . (El primer paso para estudiar algo es definirlo, y una vez que se han definido las "transformaciones naturales", se pueden utilizar para definir "natural" de forma más amplia).
Una comprensión intuitiva de "natural" es que significa que algo es definible por las propiedades genéricas de los objetos en la teoría que se estudia, en lugar de por las propiedades de los objetos específicos para los que se está definiendo la cosa.
Como ha comentado Matthew Leingang, los espacios vectoriales reales de dimensión finita son isomorfos a sus espacios duales. Pero para tener tal isomorfismo, tenemos que elegir una base para el espacio vectorial. El isomorfismo requiere algo específico de este espacio vectorial para definirlo. Pero no requerimos eso para definir este isomorfismo $\phi$ de un espacio vectorial con su segundo dual. Podemos definirlo simplemente a partir de la definición de "dual de un espacio vectorial real": $$\forall v \in V, f \in V^*, \phi(v)(f) := f(v)$$ Por eso $\phi$ es "natural".
Pero fíjate en la redacción de la comadreja en la descripción anterior: "en la teoría que se estudia". Por eso "natural" se convierte en una palabra de arte, más que de precisión: la mayoría de las veces no nos molestamos en establecer la categoría que permite una definición precisa de "natural". Eso se deja a nuestro público para que lo deduzca. Verán, un pequeño ajuste de la categoría en cuestión convertirá de repente lo antinatural en natural. En el álgebra lineal de dimensión finita, $V$ no es naturalmente isomorfo a $V^*$ . Pero en la teoría de las matrices, un espacio de columnas es naturalmente isomorfo a un espacio de filas por transposición, aunque el espacio de filas es naturalmente isomorfo al dual del espacio de columnas.
Cuando alguien llama a algo "natural", hay que averiguar en qué contexto está hablando. Y aquí es donde entra lo "canónico". Cuando llamamos a algo "canónico" cuando hay un contexto familiar (y obvio) en el que es natural, pero estamos (normalmente) trabajando en un contexto más amplio en el que no es natural. Por ejemplo, la base canónica de $\Bbb R^n$ es natural cuando se habla de matrices y espacios de columnas, tan natural que ni siquiera lo mencionamos, aunque subyace en prácticamente todo lo que hacemos. Pero si estamos considerando $\Bbb R^n$ como ejemplo de espacio vectorial, entonces no es natural, sino que se define por propiedades no vectoriales de $\Bbb R^n$ . Por eso utilizamos "canónico" para describirlo.
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Un isomorfismo canónico es un isomorfismo "normal" con la implicación de que es de alguna manera "fácil" para la mente humana llegar a ese isomorfismo. Por ejemplo, el isomorfismo canónico entre cualquier objeto $G$ y $G$ (sí, dos veces) es la identidad.
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@SK19, En ese caso el mapa de identidad entre $G$ a $G$ es también un isomorfismo
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Normalmente se dice que un isomorfismo es canónico si no implica ninguna elección artificial. A menudo esto equivale a decir que el isomorfismo forma parte de una transformación natural entre ciertos funtores, si se está familiarizado con este lenguaje.