Como sabes (ya que mencionaste la transformada de Fourier), una onda cuadrada puede representarse (bueno, casi -- ver más abajo) como la suma de una serie infinita de ondas seno. Pero no sería posible enviar una verdadera onda cuadrada a través de ninguna antena física real: a medida que avanzas a lo largo de la serie infinita, las frecuencias aumentan y eventualmente llegarás a frecuencias que tu antena no puede transmitir, por diversas razones. Si observas un gráfico del espectro electromagnético, descubrirás que las ondas de radio por encima de cierta frecuencia se llaman "luz" y tu antena probablemente no puede alcanzar esas frecuencias sin importar qué tan buena sea.
(Pero, de hecho, si tienes una antena capaz de transmitir sobre un ancho de banda amplio -- es decir, desde frecuencias muy bajas hasta muy altas -- y envías alguna aproximación de una onda cuadrada a través de ella, verás que aparecen frecuencias muy altas, tal como predice la transformada de Fourier.)
También hay otro problema: en realidad no puedes acercarte a una forma de onda cuadrada real a partir de una suma finita de ondas seno, no importa cuántas utilices. Este problema es mucho más teórico y es poco probable que realmente surja en la práctica, pero se llama el fenómeno de Gibbs. Resulta que no importa cuán alta sea la frecuencia a la que llegues, tu aproximación de una onda cuadrada siempre sobrepasará en los grandes saltos de bajo a alto y de alto a bajo. El exceso disminuirá cada vez más en el tiempo, cuanto mejor sea tu aproximación (cuanto más alta sea la frecuencia a la que vayas). Pero nunca disminuirá en magnitud; converge a aproximadamente el 9% del tamaño del salto.
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Una onda cuadrada perfecta (0 tiempos de subida/bajada) no existe porque requeriría un ancho de banda infinito.
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Las antenas tienen ancho de banda finito
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Ancho de banda infinito e impedancia cero
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Si el campo eléctrico es una onda cuadrada cercana a lo ideal, ¿no será el campo magnético más parecido a una serie de picos positivos y negativos?