Estás aplicando incorrectamente la regla del producto. Tienes que especificar qué variables mantiene constantes tu derivada "al principio". En otras palabras, no mezcles lo que se mantiene constante. Por lo tanto, si quieres mantener el volumen (y el número de partículas) constante, haces
$$\left[\frac{\partial(PV)}{\partial T}\right]_{n,V}=V\left(\frac{\partial P}{\partial T}\right)_{n,V}+P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n,V}=V\left(\frac{nR}{V}\right)+0=nR$$
Para verificar: $$\left[\frac{\partial(PV)}{\partial T}\right]_{n,V}=\left[\frac{\partial(nRT)}{\partial T}\right]_{n,V}=nR$$ o puedes hacer lo mismo manteniendo la presión constante. Encontrarás lo mismo.
Lo que propones en realidad terminará sumando $nR$ dos veces y por lo tanto te dará $2nR$. La expresión $\frac{\partial}{\partial T}(PV)$ no es muy buena de usar ya que no estás especificando qué estás manteniendo constante (y no puedes mantener constantes todas las demás variables o de lo contrario no podrías cambiar la temperatura debido a la ley de los gases ideales).
De hecho, técnicamente no necesitamos mantener constante $P$ o $V$, pero en general necesitaríamos al menos especificar cómo uno de estos cambia con respecto a las otras variables, ya que hay más de una forma en que $P$ y $V$ podrían variar a medida que cambiamos la temperatura. Sin embargo, resulta que para el gas ideal esta especificación es irrelevante. Veamos por qué solo manteniendo constante $n$. Entonces tenemos \begin{align}\left[\frac{\partial(PV)}{\partial T}\right]_n&=V\left(\frac{\partial P}{\partial T}\right)_{n}+P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n} \\ & =V\left(\frac{\partial (nRT/V)}{\partial T}\right)_{n}+P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n} \\ & =nR-\frac{nRT}{V}\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n}+P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n} \\ & =nR-P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n}+P\left(\frac{\partial V}{\partial T}\right)_{n}\\ & =nR\end{align}
Entonces, como puedes ver, esto siempre será así. La clave es que necesitas especificar las restricciones en tus variables antes de tomar la derivada. Las restricciones no surgen de la nada.
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Oh no... Me faltó la n en la última línea. Lo siento, mi pregunta no era por qué la n se fue, obviamente había una n, pero mi pregunta era ¿dónde fue la otra parte en la derivada parcial? ¿No deberían haber 2 derivadas como se menciona en mi pregunta?