Sí, existe un método general para este problema; básicamente, hay una forma de modificar el algoritmo de la "división larga" para que te dé raíces cuadradas en lugar de cocientes. Una explicación detallada y un ejemplo trabajado se pueden encontrar aquí:
https://xlinux.nist.gov/dads/HTML/squareRoot.html
Una técnica alternativa: supongamos que queremos los primeros dígitos de la raíz cuadrada de dos. Tomemos el entero 2000000000000. (Obsérvese que debe haber un número par de ceros.) Hay algún número entero n tal que, al ser elevado al cuadrado, es menor que 2000000000000, y (n+1) al cuadrado es mayor. Puedes encontrar ese entero mediante búsqueda binaria en unas 40 conjeturas; los dígitos que n y n+1 tienen en común son definitivamente los dígitos de la raíz cuadrada de dos.