La termodinámica, el electromagnetismo y la mecánica clásica eran la "TOE" de la física en la época de Lord Kelvin. Siguieron siendo una "TOE" hasta que se descubrieron nuevos fenómenos que no podían ser explicados por sus teorías, como el efecto fotoeléctrico, la cuantización energética de los fotones, los espectros atómicos y muchos otros.
Del mismo modo, una teoría que unifique la mecánica cuántica y la relatividad general, que describa la materia oscura, etc., seguirá siendo una teoría hasta que se descubran nuevos fenómenos que contradigan la teoría, o que simplemente no puedan describirse en su marco.
Se puede decir que una TOE es una TOE hasta que algún fenómeno experimental inexplicable falsifique la TOE.
EDIT: También hay otra consideración. El término "teoría del todo" en su significado actual es engañoso, porque no es una teoría del "todo" en sentido estricto. Hay fenómenos físicos que no son abordados por la TOE. Por ejemplo, la dinámica del caos, la termodinámica de no equilibrio, la física del estado sólido, la biología y muchos otros. Los defensores de la teoría del conocimiento sostienen que dicha teoría explicaría en principio todos los fenómenos conocidos, incluyendo la química, la biología, etc. Esto es lógicamente correcto, pero prácticamente inútil. Por supuesto, la química y la biología ya están "en principio" explicadas por las leyes físicas actualmente conocidas. Pero prácticamente, nadie ha sido capaz de reducir la teoría evolutiva de Darwin a la mecánica cuántica. Hay fenómenos físicos que simplemente están más allá del alcance de una teoría de la vida.