Como se ha sugerido en otras respuestas, en general para intentar demostrar que dos grafos NO son isomorfos basta con encontrar algunas condiciones invariantes, por ejemplo en términos de recuentos de vértices de varios grados y recuentos de sus vecinos de varios grados y recuentos de caminos a través de vértices de diferentes grados, etc. Para demostrar que dos grafos SON isomorfos no hay básicamente ningún método rápido conocido, pero se puede limitar la búsqueda del isomorfismo correcto utilizando las restricciones señaladas anteriormente.
En el caso de tus dos grafos, aquí tienes ejemplos de cómo ver que no son isomorfos (similares a otras respuestas). Una forma es contar el número de vértices de grado 3 que tienen 2 vecinos también de grado 3. En tu primer gráfico la respuesta es 4, y en el segundo gráfico la respuesta es 0. También puedes contar cuántos caminos sencillos de longitud 3 pasan sólo por nodos de grado 3. En el primer gráfico puedes encontrar uno, pero en el segundo no. En el primer gráfico puedes encontrar uno, pero en el segundo no.