Creo que he encontrado la respuesta (aunque puede que sea incorrecta, por favor, hágamelo saber). Además, esta respuesta es muy conceptual, más que teórica. Suponemos lo siguiente:
Todos los protones experimentan una fuerza de repulsión y los electrones hacen lo mismo. Para contrarrestar esta fuerza de repulsión, las fuerzas intermoleculares provocadas por el enlace de hidrógeno, el enlace dipolar dipolar, etc. mantienen unido al átomo.
Por ejemplo, supongamos que la fuerza de repulsión entre dos átomos de O2 es de 5 newtons (obviamente no está a escala). Así, para mantener las partículas juntas tiene que haber una fuerza contraria de 5 newtons. Cuando rompemos estos enlaces intermoleculares (lo que se consigue fácilmente excitando los átomos mediante la adición de calor, haciendo que los átomos se agiten vigorosamente y aflojando las fuerzas intermoleculares) la fuerza intermolecular disminuye y el resultado es que la fuerza de repulsión aplica una fuerza de unos 5 newtons durante una cierta distancia d. Esta Fuerza*Distancia es la definición misma de Energía.
Las partículas excitadas encuentran ahora otros átomos a los que unirse. Como se han liberado, ahora pueden unirse a átomos que permitan una menor fuerza de repulsión. Los compuestos favorables en la combustión son el agua y el dióxido de carbono. Ninguna materia se convirtió en energía.
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No veo ninguna masa en esta ecuación.