Su confusión es la lectura de la abreviatura de $\frac{\mathrm d y}{\mathrm d x}$ $\frac{\mathrm d y(x)}{\mathrm d x}$ en lugar de $\frac{\mathrm d y(u(x))}{\mathrm d x}$ como debe.
$$\begin{align}
u(x) & \mathop{:=} \surd x
\\ y(u) & \mathop{:=} u^2
\\ \therefore y(u(x)) & = y(\surd x)
\\ & = (\surd x)^2
\\ & = x
\end{align}$$
La variable dependiente $y$ se define como una función de la variable dependiente $u$, la cual es definida como una función de la independiente de la variable $x$. Por lo tanto $y$ es una composición de la función cuando se expresa con respecto a $x$.
Se ha de entenderse que cuando nos diferenciar la variable dependiente $y$ con respecto al $x$ estamos diferenciando esta composición.
Para mayor claridad, vamos a usar letras diferentes para las variables dependientes y las funciones que están definidas. A continuación, tenemos una variable independiente $x$, y las variables dependientes $u$ $y$ se definen como funciones de $f$$g$, de tal manera que $y=f(u)$$u=g(x)$. A la hora de diferenciar $y$ con respecto al $x$ aplicamos la regla de la cadena para la composición de $f$ $g$ (que es $f\circ g).$
$\begin{align}
u & \mathop{:=}g(x)
\\[1ex] y & \mathop{:=} f(u)
\\[1ex] & = [f\circ g](x)
\\[3ex] \therefore \dfrac{\mathrm d y}{\mathrm d x}
& = \dfrac{\mathrm d [f\circ g](x)}{\mathrm d x}
\\[1ex] & = \dfrac{\mathrm d f(g(x))}{\mathrm d g(x)} \cdot \dfrac{\mathrm d g(x)}{\mathrm d x}
\\[1ex] & = \frac{\mathrm d y}{\mathrm d u}\frac{\mathrm d u}{\mathrm d x}
\\[2ex] & = \frac{\mathrm d u^2}{\mathrm d u}\frac{\mathrm d \surd x}{\mathrm d x}
\\[1ex] & = 2u\cdot\frac {1}{2\surd x}
\\[1ex] & = \frac{2\surd x}{2\surd x}
\\[1ex] & = 1
\end{align}$