Aquí hay dos formas distintas de abordar la cuestión que planteas. Una es más matemática, comparando las relaciones $mv$ y $\frac{1}{2}mv^2$ . La otra tiene más que ver con la fuerza y la energía, que yo llamo física.
Matemáticas
Imaginemos que dos objetos que se mueven en la misma dirección chocan entre sí. Para simplificar las cosas, imaginemos también que se mueven en la misma dirección después de la colisión. (Esto siempre se puede establecer, así que no se pierde nada por suponerlo).
Antes y después de la colisión, la cantidad
$$p_\text{tot} \equiv m_1v_1 + m_2v_2 \tag{1}$$
no ha cambiado. Las velocidades pueden haber cambiado desde antes y después de la colisión, pero puedes introducir cualquier conjunto (ya sea las velocidades iniciales o las finales) que suma no cambiará.
Ahora bien, ¿qué se puede decir de la cantidad
$$2K_\text{tot} \equiv m_1v_1^2 + m_2v_2^2?\tag{2}$$
(He movido el $\frac{1}{2}$ al otro lado; espero que te parezca bien. Sólo hace que la expresión sea más parecida). Bueno, en realidad no mucho. Ambas están compuestas por las mismas cantidades, pero no son necesariamente iguales porque no hay forma matemática de manipular la Ecuación 1 para que se parezca a la Ecuación 2. Inténtalo, no serás capaz. Esto es lo que quiero decir. Puedo multiplicar $p_\text{tot}$ por $v_{1f}$ (que es la velocidad final del objeto 1) y termino con una cantidad inventada que llamo $Q$ :
$$Q\equiv p_\text{tot}v_{1f} = m_1v_1v_{1f} + m_2v_2v_{1f}. \tag{3}$$
Ahora esa cantidad es el mismo antes y después de la colisión. ¿Cómo lo sé? Porque $p_\text{tot}$ es el mismo, por lo que $p_\text{tot}$ multiplicado por el mismo número $v_{1f}$ también debe ser el mismo.
A eso me refiero cuando digo que no se puede manipular $p_\text{tot}$ para que parezca energía cinética. Así que no hay razón para que la energía cinética debe ser el mismo antes y después de la colisión.
Físico
El momento de un sistema de objetos es el mismo antes y después de la colisión si el impulso neto sobre el sistema es nulo:
$$\int F_\text{net}\,dt = \Delta p$$
Se trata de la 2ª ley de Newton, pero escrita de una forma diferente a la que habrás visto.
Así que ahora sabemos cuándo y "por qué" el momento es constante. ¿Y la energía cinética? Eso es realmente más difícil. La ecuación rectora es
$$\sum_i \vec F_i\cdot d\vec s = \Delta K + \Delta U + \Delta E_\text{thermal} + \cdots$$
En otras palabras, la suma de los trabajos externos en su sistema es igual al cambio en energía total pero eso no te dice nada sobre el energía cinética . La energía puede cambiar de forma. Así que si la energía cinética se pierde en alguna colisión, pasó a ser potencial, térmica, etc.
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La premisa de la pregunta es incorrecta, si consideramos el momento y la energía cinética de todo partículas en la colisión. El calor es energía cinética...