No es tan lógico representar los primos utilizando directamente la transformada de Fourier. La transformada de Fourier tiene en mente la linealidad y hay cierta linealidad pero no la que se puede explotar fácilmente entre los primos.
Al principio, parece que el cribado, cuando se cruza cada segundo, luego cada tercero, luego cada quinto número y así sucesivamente, es de naturaleza lineal, ¿verdad? Pero esto sólo esconde una dolorosa verdad que $2 \cdot 3 = 6$ y que $2+3$ no está revelando nada respecto a la composición de $5$ .
Si se parte de la base de que todo número puede representarse unívocamente como un producto de primos
$$n=\prod_{k=1}^{\omega(n)}p_{m_k}^{\alpha_k}$$
se obtiene la linealidad prevista utilizando
$$\ln(n)=\sum_{k=1}^{\omega(n)}\alpha_k\ln(p_{m_k})$$
Técnicamente, si se permite $\alpha_k=0$ tienes
$$\ln(n)=\sum_{k=1}^{+\infty}\alpha_k\ln(p_k)$$
donde $\alpha_k=0$ significa que $p_k$ no es un factor de $n$ que $n$ no es divisible por $p_k$ .
Esto, la observación de los números primos usando la escala logarítmica, te lleva a un primo de la transformada de Fourier, que es la transformada de Mellin. Para ilustrarlo, usaremos la función Gamma, la extensión del factorial, así que si $f(x)=e^{-x}$ entonces su transformada Mellin es la función Gamma
$$\Gamma(s) = \int_0^\infty e^{-x}x^{s-1} dx$$
Nosotros puede definir la transformada de Fourier mediante la transformada de Mellin, es cierto, pero inevitablemente se agarra a la escala logarítmica en el proceso.
Para entender por qué Mellin sabe mejor, definimos la función zeta de Riemann como la transformada de Mellin de otra función $f(x)=\frac1{e^x-1}$ es decir:
$$\zeta(s) = \frac1{\Gamma(s)}\int_0^\infty \frac1{e^x-1}x^{s-1} dx$$
Para entender lo íntima que es esta función con los primos, unas cuantas relaciones:
$$\ln\zeta(s) = s\int_0^\infty \frac{\pi(x)}{x(x^s-1)} dx$$
$$\frac{1}{\zeta(s)}=\sum_{n=1}^\infty \frac{\mu(n)}{n^s}$$
$$\zeta^2(s) =\sum_{n=1}^\infty \frac{d(n)}{n^s}$$
$$-\frac{\zeta'(s)}{\zeta(s)} = \sum_{n=1}^\infty \frac{\Lambda(n)}{n^s}$$
$$\frac{\zeta^2(s)}{\zeta(2s)} = \sum_{n=1}^\infty \frac{2^{\omega(n)}}{n^s}$$
donde
$\pi(x)$ es el número de primos hasta $x$
$\mu(n)$ es una función de Möbius igual a $0$ si $n$ es divisible por el cuadrado en caso contrario $1$ si es que tiene par y $-1$ si tiene un número impar de factores primos
$d(n)$ es el número de divisores de $n$
$\Lambda(n)$ es la función de von Mangoldt igual a $\ln(p)$ si el número $n$ es $n=p^k$ De lo contrario, $0$
$\omega(n)$ es el número de factores primos distintos de $n$
y muchas más relaciones como éstas.
De nuevo, no estamos lejos de la transformada de Fourier, sólo estamos escalando para extraer la esencia multiplicativa. La transformada de Fourier pura puede conectar dos relaciones multiplicativas relacionadas con los primos, pero para profundizar en los primos necesitamos la transformada de Mellin relacionada.
En cuanto a la factorización de primos, no hay mucho en lo que la transformada de Fourier esté directamente implicada. El problema es tan complejo que las técnicas rozan los límites matemáticos y no es raro que se recurra a la adivinación y a la heurística, incluso cuando se espera que la factorización sea muy rápida y cuando el algoritmo es bastante preciso y sólido.
Aún así, si se mira la función zeta de Riemann definida anteriormente como
$$\zeta(s)=\sum_{n=1}^{\infty} n^{-s} = \prod_{p \text{ is prime}}\frac1{1-p^{-s}}$$
tienes disponible la factorización de cada $n$ aunque no se puede extraer directamente. Dado que la función zeta de Riemann está íntimamente relacionada con otras funciones aritméticas, lo único que se necesita es poder extraer $n^{th}$ coeficiente de cualquier suma interesante:
$$f(s)=\sum_{n=1}^{\infty}\frac{a_n}{n^s}$$
y eso sería
$$\frac{a_n}{n^{\sigma}} = \lim_{T\to\infty} \frac{1}{2T} \int_{-T}^{T} f(\sigma+ it)n^{it} \mathrm{d}t$$
y se puede obtener suficiente información sobre la factorización para iniciar la factorización real. Esta no es la forma más rápida posible conocida, pero es la forma que está relacionando Fourier, es decir, la transformada Mellin, con el proceso de factorización más directamente que con otros métodos conocidos.
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Una de las referencias que has enlazado es un artículo de Wolfgang Schramm. Hice una entrada en el OEIS sobre su tipo de cálculo GCD-Fourier aquí: oeis.org/A231425 De ella se obtiene también la función de von Mangoldt que codifica el teorema fundamental de la aritmética: oeis.org/A140256 oeis.org/A014963