¿Qué biblioteca / programa puede dibujar moléculas en 3D mediante programación?

Question

Molecular de software de gráficos es generalmente interactivo.

Pero estoy en busca de una biblioteca o de un programa que sea capaz de representar una molécula dada basado en las órdenes de otro programa. Me gustaría darle una molécula de descripción, el punto de vista, opciones, etc, y debería producir la imagen sin necesidad de abrir las ventanas.

La entrada es la misma de los datos contenidos en un archivo XYZ (o el archivo), el resultado esperado es un 3D de la molécula de dibujo.

¿Cuál es la manera más fácil de hacer esto?

Answer 1

El comando "jmoldata" (que usa JmolData.jar de Jmol) convierte xyz / pdb y muchos otros formatos de moléculas en imágenes 3D bien representadas basadas en los scripts Jmol proporcionados por el usuario.

(respuesta basada en la sugerencia del usuario @porphyrin)

Answer 2

Antes de monitores tenían capacidades de gráficos, todos los programas de gráficos trabajado de esa manera. Para macromoléculas, usted podría utilizar molscript, y por moléculas más pequeñas, puede utilizar ORTEP. Ambos están todavía disponibles, y son de secuencia de comandos.

Molscript es de código abierto ahora y vive en Github. Escribir una secuencia de comandos que se describe cómo mostrar la molécula (hay un genérico de secuencia de comandos que puede utilizar, o escribir uno específicamente para cada estructura), y las opciones de formatos de salida (PostScript, Raster3D y VRML).

Para moléculas pequeñas, una buena opción sería Jmol en su java versión independiente. El uso de opciones de línea de comandos, puede cargar un archivo con las coordenadas, un script genérico, la vuelta de la visualización de gráficos y seleccione un formato de archivo de salida.