El objetivo de la regresión de variables instrumentales es proporcionar una estimación insesgada del efecto causal de la exposición $X$ sobre el resultado $O$ cuando hay alguna variable no medida -posiblemente no medible-. $U$ confundiendo la relación entre $X$ y $O$ . He aquí un DAG de la circunstancia más sencilla en la que se utilizaría la estimación por variables instrumentales ( $X$ , $U$ y $Z$ pueden ser conjuntos de variables):
Si una variable instrumental $Z$ causa $X$ no tiene ningún efecto sobre $O$ que no sea a través de $X$ no existe una causa previa de ambos $Z$ y $O$ y el efecto de $X$ en $O$ es homogénea, entonces con una muestra suficientemente grande $E[O|\hat{X}]$ donde $\hat{X} = E[X|Z]$ puede proporcionar una estimación no sesgada del efecto causal de $X$ en $O$ .
En resumen, no le importa el efecto de $Z$ en $O$ (no hay ninguna, excepto a través de $X$ ), y $E[O|\hat{X}] \ne E[O|X,Z]$ Así pues, basta con incluir $Z$ en su modelo no obtendrá una estimación de variable instrumental.
Comentario final: El cierre "...en la estimación inicial?" de tu pregunta me hace querer aclarar: una primero estimaciones $\hat{X}$ (así $Z$ es efectivamente parte de esa estimación), y se utiliza $\hat{X}$ como predictor en la segunda estimación (sin $Z$ ).