Cuando uno encuentra la estructura 3D de una proteína por crystalizing y, a continuación, hacer un experimento de rayos X, ¿cómo hace uno para saber que la configuración geométrica de el cristal es el mismo (o muy cerca) a la estructura de la proteína adoptar en solución acuosa?
Respuesta
¿Demasiados anuncios?
Voy a utilizar citas de B. Rupp, Biomolecular de la Cristalografía (p. 7-8) para contestar.
En general la estructura es similar...
Comparación de muchos de resonancia magnética nuclear (RMN) de la estructura de la solución conjuntos con estructura cristalográfica ha demostrado que el núcleo la estructura de las moléculas de proteína se mantiene sin cambios en comparación con el solución de estado durante la cristalización. Además, las enzimas de lleno en cristales incluso de mantener la actividad biológica.
con algunas partes que no son visibles en el experimento...
El mantenimiento de la estructura del núcleo y de la función enzimática muestra que las estructuras cristalinas son una muy buena aproximación de los nativos la proteína de estructura de la solución. No obstante, altamente flexibles o móviles las regiones, con frecuencia el amino o carboxilo-terminal de la proteína de la cadena o bucles flexibles de conexión elementos de estructura secundaria, puede ser mal definidos o incluso ausente en la densidad de electrones y por lo tanto puede ser modelado sólo con un número limitado de confianza.
pero cuidado...
En determinada situación, flexible y dinámico de las regiones de una proteína la molécula puede ser rígidamente fijado en una determinada conformación como resultado de cristal de embalaje interacciones. En la mayoría de los casos, esto representa sólo una instantánea de una posible conformación de muchos y debe ser se entiende que tal específica conformación de mayo localmente no representan la estructura de la proteína en solución. Un simple salvaguardia contra a malas interpretaciones-que es generalmente de asignación de cierta importancia biológica de las regiones en que es de facto no justifica - es para mostrar todos los vecinos, relacionada con la simetría de las moléculas en el cristal estructura y examinar si las interacciones intermoleculares son presente que son el resultado de un cristal de embalaje. Tales embalaje inducida por los artefactos pueden dificultar, por ejemplo, el descubrimiento de fármacos mediante la alteración o el bloqueo de los sitios de unión y por lo tanto la prevención de un activo la sustancia de la unión.
