Bueno, para decirlo brevemente, es porque $L^2$ y $L_z$ son dos observables que no tienen $r$ dependencia. Dado que los términos cinéticos de $H$ pueden escribirse como funciones de $r$ y $L^2$ y el potencial sólo depende de $r$ es evidente que el hamiltoniano conmuta con los momentos angulares. Por lo tanto, tiene sentido escribir $Y$ en términos de estos dos.
Pero si queremos profundizar un poco más, está un poco relacionado con la teoría de la representación. El hecho de que $L^2$ y $L_z$ forman una descripción completa de las rotaciones vectoriales (representan el álgebra de Lie $\mathfrak{so}(3)$ del grupo de Lie $\mathrm{SO}(3)$ ) y, por tanto, son la forma más natural de expresar la dependencia angular de un espacio invariante de la rotación en términos de funciones ortonormalizables.
Después de leer el comentario de @ZeroTheHero, pensé que sería instructivo proporcionar alguna intuición de por qué el momento angular no depende del radio. Recuerda la definición clásica
$$\mathbf L=\mathbf r\times\mathbf p$$
Demos entonces una estimación de $L$ . Supongamos que un átomo o algo tiene algún radio característico $R$ y el electrón se mueve con un momento característico $p$ . A continuación, estimamos
$$L\sim Rp$$ Pero la relación de Broigle nos da una estimación del momento en términos de la longitud característica
$$p\sim\frac{h}{R}$$
Dónde $h$ es la constante de Planck. Por lo tanto, nuestra estimación del momento angular asciende a
$$L\sim h,$$
Que no depende explícitamente de las longitudes características del sistema. Como tal, es razonable decir que no tiene $r$ dependencia, aunque no he dado una prueba rigurosa.