Hay una diferencia entre las interacciones que dividen todos los niveles de energía posibles (por ejemplo, el acoplamiento espín-órbita y el efecto stark) y la forma en que los electrones se distribuyen entre estos niveles de energía. Las interacciones entre los electrones que pertenecen al mismo átomo se contabilizan mediante integrales de coulomb y de intercambio, y esta interacción contribuye efectivamente a la división de los niveles de energía degenerados. Sin embargo, todas las interacciones anteriores sólo indican qué niveles de energía son posibles para los electrones de un átomo. No dicen nada sobre cómo se distribuyen los electrones en estos niveles de energía.
Otras perturbaciones que provienen, por ejemplo, de los campos eléctricos de otros iones, se limitan a dividir o reordenar el orden de los niveles de energía de la misma manera que los niveles de energía son divididos o desplazados por las interacciones inherentes al sistema que he mencionado anteriormente.
Sin embargo, ahora que sabemos qué niveles de energía están permitidos, también nos interesa saber qué niveles ocuparán los electrones. Ahí es donde entra en juego el principio de exclusión de Pauli. El principio establece simplemente que dados los niveles de energía (etiquetados por números cuánticos como $j, l, s, m_s...$ ) no habrá dos electrones que ocupen el mismo estado (es decir, no habrá dos electrones etiquetados con el mismo conjunto de números cuánticos). Esto se deduce de la estadística de fermi-dirac. Por lo tanto, cuando se busca la configuración de electrones del estado básico de un átomo, simplemente se empieza a colocar los electrones en los niveles de energía más bajos posibles, asegurándose de no acabar con dos electrones que tengan los mismos números cuánticos. De este modo, se obtiene la configuración que tiene la energía más baja. Otras configuraciones tienen energías más altas y pertenecerán a estados excitados.
Es muy difícil dar la imagen completa sin las aproximaciones, a veces burdas, que he hecho en esta breve respuesta. Hay mucho más detrás de la física atómica de lo que puedo describir aquí. Si te interesa la física atómica, te recomiendo el libro de Bransden y Joachain .