También me gustaría ir de regresión logística, ya que no menciona que tiene una variable de tiempo especificando el tiempo de inclusión en el estudio hasta el inicio del hábito de fumar o censura (final del estudio); en ese caso, una de regresión de Cox sería mejor.
Dudo que haya alguna diferencia en el uso de porcentajes como predictores, en comparación con otras variables continuas. Por ejemplo, el IMC (Índice de masa Corporal) no es una medición directa de los predictores, como se deriva de una división de dos unidades.
Como Glen_b menciona, estos predictores podría no ser realmente linealmente asociado con la variable dependiente. Pero la transformación de ellos puede hacer que los predictores más difícil de interpretar y revistas en general no como variables transformadas si son los predictores de principal interés.