Con cuidado, cambio de cantidades variables para las dos identidades
$$\int_a^b f'(g(x)) g'(x) dx = f(g(b))-f(g(a))=\int_{g(a)}^{g(b)} f'(x) dx.$$
La identidad de la primera utiliza el hecho de que $f'(g(x)) g'(x)=(f(g(x))'$, junto con el teorema fundamental del cálculo. La segunda identidad es justamente el teorema fundamental del cálculo.
En la notación común para el cambio de variable, denotamos $g(x)$ por $u$ e $g'(x)$ por $\frac{du}{dx}$, y luego escribimos $\frac{du}{dx} dx = du$. Si quieres ser más matemáticamente cuidado, usted puede tratar este último paso como estar en la notación, y únicamente piensa en el cambio de variable utilizando estas dos identidades.
Su ejemplo es una especie de incómoda para el transporte de este punto, porque en esta notación está básicamente $g(x)=\arctan(x)$ e $f(x)=x$, que podría fácilmente ser hecho con el teorema fundamental del cálculo, sin llamar la regla de la cadena en juego. Un mejor ejemplo sería
$$\int_a^b \frac{2x}{x^2+1} dx.$$
En este caso, se $g(x)=x^2+1,g'(x)=2x,f'(x)=1/x$. Así que usted puede seleccionar $f(x)=\ln(x)$ y el de la integral definida es $\ln(b^2+1)-\ln(a^2+1)$.