Soy un poco novato en esto, pero creo que esto puede ayudar.
(Nota: aquí estoy usando la Aritmética de Peano (PA) pero puedes sustituirla por cualquier teoría con la que estés hablando del Segundo Teorema de Incompletitud (G2)).
Definiciones
- Un teorema de PA se define como una sentencia en el lenguaje de PA (es decir, una cadena de símbolos de PA que satisface ciertas condiciones) que puede concluirse a partir de los axiomas de PA mediante aplicaciones finitas de las reglas de inferencia de PA (las de la lógica de primer orden).
- Si S es un teorema de PA, decimos que PA demuestra S (simbólicamente, PA $\vdash$ S). En caso contrario, decimos que PA no prueba S (simbólicamente, PA $\nvdash$ S). Con esta notación, podemos enunciar G2 como PA $\nvdash$ ConPA].
- "PA es consistente" significa que no hay ningún par de teoremas de PA que sean la negación del otro, e "inconsistente" significa no consistente.
Aclarar las nociones clave
Hay un enunciado (llamémoslo ConPA) en el lenguaje de la AP (es decir, ConPA es una cadena de símbolos que puede escribirse realmente -aunque lleva páginas-), que es verdadero en el modelo estándar de la AP si la AP es consistente (y por tanto su negación es verdadera si la AP es inconsistente). Fundamentalmente, por la frase anterior, no quiero decir que PA pueda demostrar ConPA si PA es consistente, y no quiero decir que ConPA es verdadera si PA puede demostrar ConPA. Quiero decir que ConPA es verdadera si PA es consistente. (Cuando la gente habla de si PA puede demostrar su propia consistencia, todo lo que están hablando es si PA demuestra ConPA). G2 es esto: "si PA es consistente, PA no demuestra ConPA, es decir, PA $\nvdash$ ConPA". Nótese que G2 no es un teorema de PA. Tal y como lo he presentado aquí, G2 es sólo un hecho general sobre el mundo, y no es una sentencia (y mucho menos un teorema) de ninguna teoría formal (aunque, según recuerdo, puede ser una especie de paráfrasis y demostrarse en algunas teorías formales de la misma manera que, en PA, ConPA parafrasea "PA es consistente" aunque PA no demuestra ConPA). Es una consecuencia directa de la solidez de PA (el hecho de que los axiomas de PA son verdaderos y las reglas de la lógica de primer orden preservan la verdad) que si PA es consistente entonces PA $\nvdash \neg$ ConPA: esto no es una consecuencia de G2 por lo que veo.
Responder realmente a la pregunta
Si entiendo correctamente la pregunta, expresa la preocupación de que se siga de G2 que PA (o cualquier teoría formal) es consistente ya que si no lo fuera habría una contradicción en ella y eso significaría que PA demostraría su propia inconsistencia, que es justo lo que G2 dice que no puede hacer: una contradicción putativa en sí misma.
Varios problemas con eso: G2 no dice que PA no pueda demostrar su propia inconsistencia; dice que si PA es consistente, no puede demostrar su propia consistencia - una teoría inconsistente demuestra todo en su lenguaje. Aunque de la solidez de la AP (que es un hecho) se deduce que si la AP es consistente entonces la AP no demuestra su propia inconsistencia (y quizás esto se considera a veces parte de G2), esto no demuestra que la AP no demuestra su propia inconsistencia porque no sabemos con seguridad que la AP es consistente. Ahora bien, podría preocupar que bajo el supuesto de que PA es consistente, el hecho (la conclusión de G2) de que no puede probar su consistencia (es decir, probar ConPA) significaría que PA no es consistente y esto contradiría a G2. Pero esta implicación (si no demuestra una sentencia S, entonces S es falsa) sólo se mantendría si PA fuera completa y no lo es, como muestra el primer teorema de incompletitud.
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Nótese que el enunciado del teorema es "si un sistema está libre de contradicciones...", y por tanto no dice absolutamente nada sobre el caso en que un sistema tenga contradicciones.
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De hecho, no entiendo el concepto de "sistema" en este contexto y, por tanto, no puedo saber cuándo estoy dentro y cuándo fuera de un sistema.
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Un "sistema" al que se hace referencia en el teorema es la llamada teoría formal, que no es más que una colección de axiomas y reglas de deducción que nos permite derivar teoremas.
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La pregunta del título, no. No se contradice.
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Tal vez quiera echar un vistazo al libro "Gödel's proof" de Nagel & Newman. Puede que no sea perfecto, pero ayuda mucho a contextualizar el trabajo de Gödel. En particular, se ilustra bien la dicotomía dentro/fuera del sistema, que es fundamental para entender la prueba.
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A estas alturas estoy casi seguro de que confundí dentro/fuera en la forma en que demuestro que el sistema está libre de contradicciones, pero lo hago fuera del sistema (lo que en realidad es trivial, porque fuera del sistema, sabemos por definición que es consistente). Esto no es una contradicción con el teorema de Gödel, que sólo dice algo sobre la demostrabilidad dentro del sistema.