¿Cómo puedo calcular las probabilidades de clase en el paquete caret utilizando el método 'glmnet'?

Question

Si hago un modelLookup('glmnet') dice TRUE para probModel (y de hecho, esperaría que fuera utilizable como modelo para predecir probabilidades en un problema de predicción de resultados binarios ya que glmnet tiene un argumento de familia 'binomial').

Sin embargo, siguiendo las instrucciones del paquete caret digo:

trainControl = trainControl(classProbs=TRUE)

modelFit = train(X, y, method='glmnet', trControl=trainControl)

y me sale:

cannot compute class probabilities for regression

¿Estoy haciendo algo mal?

Answer 1

Sospecho que su y es de la clase numeric y no es un R factor . Puede consultar la documentación de glmnet directamente,

   y: response variable. Quantitative for ‘family="gaussian"’ or
      ‘family="poisson"’ (non-negative counts). For
      ‘family="binomial"’ should be either a **factor with two
      levels, or a two-column matrix of counts or proportions**.

(el énfasis es mío).

o compruébalo con el siguiente ejemplo de juguete:

library(caret)
data(iris)
iris.sub <- subset(iris, Species %in% c("setosa", "versicolor"))
train(iris.sub[,1:4], factor(iris.sub$Species), method='glmnet', 
      trControl=trainControl(classProbs=TRUE))  # work
train(iris.sub[,1:4], as.numeric(iris.sub$Species), method='glmnet', 
      trControl=trainControl(classProbs=TRUE))  # 'cannnot compute class probabilities for regression'