Tenga en cuenta que $$I''(x)=\int_0^\infty \frac{y^2 e^{-xy}}{y^2+a^2}dy$$
para que $$\tag{1} I''(x)+a^2 I(x)= \int_0^\infty e^{-xy} dy=\frac 1x$$
Las soluciones de la ecuación homogénea son $I(x)=\sin(ax)$ y $I(x)=\cos(ax)$ pero las soluciones específicas requerirán (como ha advertido Norbert) integrales de seno y coseno como demostraremos utilizando la variación de las constantes : $$\tag{2} I(x)=c\;\sin(ax)$$ $$I'(x)=c'\sin(ax)+c\;a\cos(ax)$$ $$I''(x)=c''\sin(ax)+2\,c'a\cos(ax)-c\;a^2\sin(ax)$$ $$I''(x)+a^2 I(x)=\frac 1x=c''\sin(ax)+2\,c'a\cos(ax)$$
Vamos a establecer $\;b:=c'$ entonces queremos $$b'\sin(ax)+2\,b\,a\cos(ax)=\frac 1x$$ multiplique esto por $\,\sin(ax)$ para obtener : $$b'\sin(ax)^2+b\,2\,a\sin(ax)\cos(ax)=\frac {\sin(ax)}x$$ $$b'\sin(ax)^2+b \frac d{dx} \sin(ax)^2=\frac {\sin(ax)}x$$ $$\frac d{dx} (b\;\sin(ax)^2)=\frac {\sin(ax)}x$$ ou $$c'=b=\frac 1{\sin(ax)^2} \left(C_0+\int \frac {\sin(ax)}{ax} d(ax)\right)=\frac {C_0+\rm{Si(ax)}}{\sin(ax)^2}$$
y $c$ será : $$c=C_1+\int \frac {C_0+\rm{Si(ax)}}{\sin(ax)^2} dx$$ pero (int. por partes y desde $\cot(x)'=-\frac 1{\sin(x)^2}$ , $\rm{Si}'(x)=\frac {\sin(x)}x$ y $\rm{Ci}'(x)=\frac {\cos(x)}x$ ) : $$\int \frac {\rm{Si}(ax)}{\sin(ax)^2} dx=\frac 1a\left[-\rm{Si}(ax)\cot(ax)\right]+\int \frac {\sin(ax)}{x} \cot(ax)dx$$ $$\int \frac {\rm{Si}(ax)}{\sin(ax)^2} dx=-\frac 1a\left[\rm{Si}(ax)\cot(ax)\right]+\int \frac {\cos(ax)}{x}dx$$ de modo que (para $C_0=C_1=0$ ) $c$ será simplemente : $$\tag{3} c=\frac{\rm{Ci}(ax)-\rm{Si}(ax)\cot(ax)}a$$ multiplicando $c$ por $\,\sin(ax)$ en $(2)$ obtenemos la solución específica : $$\tag{4} I(x)=\frac 1a\left(\rm{Ci}(ax)\sin(ax)-\rm{Si}(ax)\cos(ax)\right)$$ con la solución general del E.D.O. dada por : $$\tag{5} I(x)=C\,\sin(ax)+D\,\cos(ax)+\frac 1a\left(\rm{Ci}(ax)\sin(ax)-\rm{Si}(ax)\cos(ax)\right)$$ Puede utilizar el caso específico $I(0)=\left[\frac {\arctan(ax)}a\right]_0^\infty=\frac {\pi} {2a}$ y la derivada $I'(0)=-\log(a)$ para encontrar la expresión de Norbert : $$\tag{6}\boxed{\displaystyle I(x)=\frac {\pi\cos(ax)}{2a}+\frac 1a\left(\rm{Ci}(ax)\sin(ax)-\rm{Si}(ax)\cos(ax)\right)}$$
Para la evaluación numérica quizás que el Enlace DLMF o Libro de A&S será útil.
Tengo la siguiente ampliación de la serie de $\displaystyle (a\;I(x))$ (como explica J.M. hay un término logarítmico que proviene del $\rm{Ci}$ que no se puede ampliar en $0$ ) :
$$\left[(\gamma+\ln(ax))\sin(ax)+\frac {\pi}2-(ax)-\frac{\pi}4 (ax)^2+\frac {11}{36}(ax)^3+\frac{\pi}{48}(ax)^4-\frac{137}{7200}(ax)^5+\rm{O}\left((ax)^6\right)\right]$$ (con $\gamma\approx 0.5772156649$ la constante de Euler)
Para obtener más términos puede utilizar las siguientes expansiones : $$\rm{Ci}(z)=\gamma+ \ln(z) +\sum_{n=1}^\infty \frac{(-1)^nz^{2n}}{(2n)(2n)!}$$
$$\rm{Si}(z)=\sum_{n=0}^\infty \frac{(-1)^nz^{2n+1}}{(2n+1)(2n+1)!}$$
P.D. Es bastante interesante observar que hay una referencia a casi la misma integral en esta otra reciente Hilo de S.E. El documento es Coffey 2012 'Ciertas integrales logarítmicas, incluyendo la solución del problema mensual #tbd, valores zeta y expresiones para las constantes de Stieltjes' donde la ecuación $(4.4)$ lee $\ \displaystyle I(k)\equiv \int_0^\infty \frac{e^{-(k-1)v}}{v^2+\pi^2}\,dv$ .