Sean Carroll Espaciotiempo y geometría tiene un debate exhaustivo al respecto y, lo que es aún mejor, este debate se encuentra en el notas de clase que se convirtió en el libro (véase el capítulo 2: Múltiples).
Con toda generalidad (al menos para cualquier sistema de coordenadas diestro), partimos de la símbolo $\tilde{\epsilon}_{\mu_1\cdots\mu_n} \equiv [\mu_1\,\cdots\,\mu_n]$ que es $0$ o $\pm1$ dependiendo del signo de $\mu_1\,\cdots\,\mu_n$ como permutación de $0\,\cdots\,(n-1)$ . Entonces el tensor con índices inferiores obedece a $$ \epsilon_{\mu_1\cdots\mu_n} = \sqrt{\lvert g \rvert} \tilde{\epsilon}_{\mu_1\cdots\mu_n} = \sqrt{\lvert g \rvert}\ [\mu_1\,\cdots\,\mu_n], $$ donde $g$ es el determinante de la métrica.
Algunas personas definen un símbolo con índices superiores que es el mismo que con índices inferiores, pero por otro lado algunas personas incluyen un factor extra de $\operatorname{sgn}(g)$ . De hecho, esto es lo suficientemente ambiguo como para que Carroll indique una versión en las notas vinculadas, y la otra versión en el libro final publicado.
En cualquier caso, el tensor con índices superiores es inequívoca $$ \epsilon^{\mu_1\cdots\mu_n} = \frac{1}{g} \epsilon_{\mu_1\cdots\mu_n} = \frac{\operatorname{sgn}(g)}{\sqrt{\lvert g \rvert}} [\mu_1\,\cdots\,\mu_n]. $$
Al final, deberías usar los tensores completos en los cálculos, al menos si todo lo demás en la fórmula es un tensor verdadero. En el espaciotiempo plano, la métrica es $\operatorname{diag}(-1,+1,+1,+1)$ Así que $g = -1$ y tenemos \begin{align} \epsilon_{\mu_1\cdots\mu_n} & = \phantom{-}[\mu_1\,\cdots\,\mu_n], \\ \epsilon^{\mu_1\cdots\mu_n} & = -[\mu_1\,\cdots\,\mu_n]. \end{align}