Cómo lidiar con idénticos valores de p con el Benjamini-Hochberg método para la corrección de múltiples ensayos

Question

Estoy de pruebas para mutaciones en el ADN, y estoy usando el Benjamini-Hochberg método para modificar el umbral estoy probando mi p-valores en contra. El método es básicamente el rango de los valores de p y comparar a un nuevo umbral definido por

$q(k) = k/n*\alpha$,

donde $\alpha$ es el original de su umbral, comúnmente a 0.05 $k$ es el rango de la p-valor se compara con, y $n$ es la cantidad total de los valores de p (== cantidad total de pruebas).

Debido a la naturaleza de mis datos, muchos de los p-valores son idénticos. El siguiente conjunto ordenado de valores de p podría ser un ejemplo:

$p_1$ = 0.01 $p_2$ = 0.03 $p_3$ = 0.03 $p_4$ = 0.03 $p_5$ = 0.09

Suponiendo un umbral de $\alpha$ = 0.05, lo que tengo que comparar mis valores son:

$q_1$ = 0.01 $q_2$ = 0.02 $q_3$ = 0.03 $q_4$ = 0.04 $q_5$ = 0.05

Y por lo tanto acepto la segunda prueba y rechazar la tercera y la cuarta, incluso si tienen el mismo original p-valor. Traté de buscar en la literatura para una solución a esto, pero no encontré nada. Hay un método establecido para esto? Y, si no, ¿cuál es tu preferido solución ad hoc?

Answer 1

Verificar también en la multtest paquete de Bioconductor, sugiero que se les dé el mismo valor - y muy importante - incrementar el rango de uno de los siguientes valores de p(s) en lugar de utilizar su index+1 en una matriz! Esto tendría el siguiente resultado:

teniendo en cuenta su ejemplomulttest's BH quedaría $r_1$: 1, $r_2$: 2, $r_3$: 2, $r_4$: 2, $r_5$: 3 en lugar de de $r_2$: 2, $r_3$: 2, $r_4$: 2, $r_5$: 5

Answer 2

Posible ad hoc solución es dar a repetirse p-valores de la misma fila.