Leer una tabla de una geodatabase de archivo de ESRI (.gdb) utilizando R

Question

Estoy tratando de leer una tabla directamente desde una geodatabase de archivos ESRI en R. Se puede descargar un archivo de datos de ejemplo aquí . La base de datos contiene una clase de característica de punto (Zone9_2014_01_Broadcast) y dos tablas vinculadas (Zone9_2014_01_Vessel y Zone9_2014_01_Voyage). Puede leer el shapefile en R utilizando readOGR de la rgeos paquete:

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

Las dos tablas vinculadas también muestran cuando se utiliza ogrListLayers o ogrInfo . Sin embargo, ogrInfo da una advertencia:

Mensaje de advertencia: En ogrInfo("Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel") : ogrInfo: todas las características NULL

Y si tratas de usar readOGR en las tablas se obtiene un error:

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Error en readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel") : no se han encontrado características Además: Mensaje de advertencia: En ogrInfo(dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv, : ogrInfo: todas las características NULL

Por lo tanto, parece que sólo los accidentes geográficos pueden ser leídos por elOGR. ¿Hay alguna forma de importar las tablas directamente a R o la única solución es exportarlas primero desde ArcGIS como archivos *.dbf (o *.txt) como en este ¿Respuesta?

Además, si alguien puede proporcionar llamadas desde R a un python script que automatice la exportación de archivos *csv (preferiblemente) o *.dbf, sería una solución aceptable. La solución sólo tiene que ser escalable y automatizada.

Answer 1

Esto puede ser leído ahora por sf con

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Devuelve una advertencia (no hay geometrías de características presentes) pero también un data.frame con la tabla. Ver el hilo que comenzó aquí: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

Answer 2

Utilizo GDAL 2.0.2 que se "envía" con soporte FDGB y sin tercero un controlador FGDB para investigar esas cosas. El entorno de prueba es Debian Jessie de 64 bits.

En resumen, parece que la "capa" Zone9_2014_01_Vessel contiene datos de atributos puros y la capa Zone9_2014_01_Broadcast contiene datos de posición. Puede utilizar una solución dentro de R a través de una llamada al sistema y la conversación del GDB a un contenedor shapefile (último script al final de la respuesta).

Estos son los pasos de la investigación:

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

Al ver el campo Geometry se ajusta a None . Puede convertir los datos en un archivo shape utilizando ogr2ogr y obtener también sólo un archivo de atributos de la base de datos:

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

Las geometrías (posiciones) se encuentran en la capa Zone9_2014_01_Broadcast .

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

Buque y travesía que no contiene datos de posición según el Protocolo de mensajes AIS .

Aquí la solución completa en R utilizando una llamada al sistema para la conversación GDB to shapefile y el paquete foreign para leer los dbf's:

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

Answer 3

Existe una integración recientemente publicada entre R y ArcGIS de Esri, llamada Herramientas R ArcGIS . Proporciona una integración entre R y ArcGIS que permite acceder indistintamente a las herramientas de R y a los recursos de ArcGIS. Con esta integración debería poder acceder a las clases/tablas de características de las bases de datos geográficas.

Hay disponibles herramientas de R de muestra aquí y herramientas de ejemplo que ilustran el uso de R en scripts de geoprocesamiento son aquí .

Answer 4

No estoy seguro de si se puede hacer esto con readOGR pero intente

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

Si eso no funciona, pruebe con ogr2ogr directamente, que puede exportar las no-geometrías a la tabla. (Tal vez pruebe con el paquete R gdalUtils para ejecutar eso, una vez que tengas tu proceso).

Answer 5

Esta función personalizada sigue básicamente el camino señalado por @huckfinn pero utiliza el gdalUtils biblioteca sugerida por @mdsumner.

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

Hazlo así:

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

Si aún no tiene gdal instalado, tendrá que instalarlo para dar acceso a gdalUtils . Puede encontrar binarios e instrucciones para la instalación de 'gdal' aquí .