En la práctica, el TCA (ácido tricloroacético) se utiliza ampliamente para la precipitación cuantitativa de proteínas, pero hasta ahora no he podido descubrir el mecanismo exacto de la acción del TCA. Dudo mucho que sea sólo el efecto del pH lo que precipita las proteínas. ¿Alguna conjetura mejor?
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js-coder
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El documento " La precipitación de proteínas inducida por el ácido tricloroacético implica la asociación reversible de un intermediario estable parcialmente estructurado "(Rajalingam et al. 2009 Ciencia de las proteínas 18(5), 980-993.) puede ser relevante.
En la introducción, mencionan que la explicación convencional es que "el TCA obliga a la proteína a precipitarse secuestrando el agua ligada a la proteína" - es decir, puede forzar la precipitación de la proteína de una manera relacionada con los agentes caotrópicos o anticaotrópicos como el sulfato de amonio.
Sus experimentos indican una explicación más compleja. Su hipótesis es que el TCA cargado negativamente interrumpe las interacciones electrostáticas en la proteína, lo que da lugar a un estado parcialmente plegado que es propenso a la agregación. El hecho de que la precipitación del TCA sea menos eficaz para las proteínas intrínsecamente desordenadas apoya esta hipótesis (ya que no tienen un estado parcialmente desplegado propenso a la agregación).
La naturaleza ácida del TCA (el efecto del pH) ayuda a la velocidad de precipitación, pero no parece ser necesaria, ya que la sal de sodio del TCA es capaz de precipitar las proteínas en soluciones neutras, aunque más lentamente que el TCA ácido.
