EDITADO ESTO ES INCORRECTO
Ha esto es sencillo. Especificar las ecuaciones
$$
z_{ij}=\theta_i-\theta_j + \sigma_{ij} \epsilon_{ij}
$$
y tratar de minimizar el error con respecto a $\theta$s
$$
\sum_{ij}\epsilon_{ij}^2=\sum_{ij}\frac{1}{\sigma_{ij}^2}(z_{ij}-\theta_i+\theta_j)^2
$$
con su contsraints en $\theta$s.
EDITADO
La fórmula anterior es incorrecta ya que $z_{ij}=\theta_i-\theta_j$ por modulo $2\pi$.Esto es más difícil. Cómo podemos solucionarlo? Una forma de evitar que esto $\sin$ de ambas partes y mininmize suma de los cuadrados de
$$
\sum (\sin (z_{ij})-\sin(\theta_i-\theta_j))^2
$$
Pero esto es incómodo, no lineal y $\sigma_{ij}$ no están correctamente especificados aquí.
Pero creo que puedo ver de una forma más elegante de resolverlo. Voy a tratar de dar más tarde.
Este problema se puede convertir en estándar lineal de mínimos cuadrados ponderados al hacer la sustitución de variables $y_{ij} = z_{ij} + y_{(i-1)i}$ por cada $z_{ij}$. Para la declaró ejemplo, $Y=(y_{01}, y_{12}, \ldots, y_{34})$, donde
$$
\begin{align}
y_{01} &= z_{01}, \\
y_{12} &= z_{12} + z_{01}, \\
y_{12} &= z_{12} + z_{01}, \\
y_{13} &= z_{13} + z_{01}, \\
y_{14} &= z_{13} + z_{01}, \\
y_{23} &= z_{23} + z_{12} + z_{01}, \\
y_{24} &= z_{24} + z_{12} + z_{01}, \\
y_{34} &= z_{34} + z_{34} + z_{12} + z_{01}, \\
y_{34} &= z_{34} + z_{34} + z_{12} + z_{01},
\end{align}
$$
y de las variaciones de la $y_{ij}$ (por ejemplo) $\sigma^2_{y_{23}} = \sigma^2_{z_{23}} + \sigma^2_{z_{01}} + \sigma^2_{z_{01}}$, etc., suponiendo que cada una de las $z_{ij}$ es una medida independiente. Entonces, uno puede ajustar cada una de las $y_{ij}$ utilizando el operador de módulo (como se define en la pregunta) para garantizar la $y_{ij}\in[-\pi,\pi)$.
La estimación de máxima verosimilitud de $\Theta$ es equivalente a minimizar el negativo del logaritmo de la probabilidad de todas las mediciones. En otras palabras, es la $\Theta$ que minimiza
$$
F = (Y - H\Theta)^T\Omega(Y - H\Theta),
$$
donde $\Omega=$diag$(\sigma^2_{y_{01}},\sigma^2_{y_{12}},\ldots)^{-1}$ y
$$
H = \begin{bmatrix}
-1 & 0 & 0 & 0 \\
0 & -1 & 0 & 0 \\
0 & -1 & 0 & 0 \\
0 & 0 & -1 & 0 \\
0 & 0 & 0 & -1 \\
0 & 0 & -1 & 0 \\
0 & 0 & 0 & -1 \\
0 & 0 & 0 & -1 \\
0 & 0 & 0 & -1
\end{bmatrix}
$$
La solución se obtiene mediante el establecimiento $\frac{\partial F}{\partial\Theta}=0$ y resolviendo $\Theta$, lo que da
$$
\Theta = (H^T\Omega H)^{-1}H^T\Omega Y.
$$