No es el número de pares solitarios lo que explica en modo alguno la basicidad. Tome un azúcar al azar y tendrá diez veces el número de pares solitarios (aunque en el oxígeno, no en el nitrógeno) sin ser significativamente básico.
El problema es la electrónica. El nitrógeno, al ser un átomo bastante electronegativo, es capaz de atraer bien los electrones π hacia él, hasta el punto de que los derivados de la piridina se denominan extremadamente pobre en electrones y, por tanto, muy lento en las reacciones de sustitución electrofílica.
Para pasar de piridina a pirimidina necesitamos el doble. Por lo tanto, se percibe una gran escasez de electrones en ese anillo ya que ambos nitrógenos están tratando de atraerlos hacia sí mismos.
Ahora supongamos que protonas esa especie. Ahora tenemos dos nitrógenos de los cuales uno está cargado positivamente. Inmediatamente, ese nitrógeno cargado positivamente multiplica su fuerza de extracción de electrones. De forma igualmente inmediata, el otro nitrógeno siente que la densidad de electrones abandona su proximidad. Todo el sistema es mucho menos favorable que el sistema de piridina con un solo nitrógeno.
Reformulando ese argumento: La basicidad aumenta cuando los electrones donando Los vecinos aumentan la densidad de electrones (que equivale a una carga negativa parcial) en un átomo. En el caso de la pirimidina, tenemos un electrón- retirando vecino que reduce la densidad de electrones (dando una positivo carga) y haciendo que la protonación (es decir, más carga positiva) sea menos favorable.