De Robert Z de la respuesta, tenemos
$$\frac{m^2+n^2}{mn(m^2-n^2)^2}=\frac{1}{2mn(m+n)^2}+\frac{1}{2mn(m-n)^2}.$$
Por lo tanto, la suma
$$S=\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m\neq n}}}\frac{1}{mn(m^2-n^2)^2}$$
se puede dividir en dos partes:
$$S_1=\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m\neq n}}}\frac{1}{2mn(m+n)^2}=\sum_{m,n\in\Bbb N_1}\frac{1}{2mn(m+n)^2}-\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{8n^4}$$
y
$$S_2=\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m\neq n}}}\frac{1}{2mn(m-n)^2}=\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m>n}}}\frac{1}{2mn(m-n)^2}+\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m< n}}}\frac{1}{2mn(n-m)^2}.$$
Veamos $S_2$ más de cerca. El primer sumando satisface
$$\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m>n}}}\frac{1}{2mn(m-n)^2}=\sum_{m,k\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2m(m+k)k^2},$$
donde $k=m-n$. El segundo sumando satisface
$$\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m>n}}}\frac{1}{2mn(m-n)^2}=\sum_{n,l\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2(n+l)nl^2},$$
donde $l=n-m$. Por lo tanto, se puede cambiar el nombre de las variables ficticias y obtener
\begin{align}S_2&=\sum_{m,k\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2m(m+k)k^2}+\sum_{n,l\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2(n+l)nl^2}\\&=\sum_{m,n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2mn^2(m+n)}+\sum_{m,n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2m^2n(m+n)}.\end{align}
Así,
$$S_2=\sum_{m,n\in\Bbb{N}_1}\left(\frac{1}{2mn^2(m+n)}+\frac{1}{2m^2n(m+n)}\right)=\sum_{m,n\in \Bbb{N}_1}\frac{1}{2m^2n^2}.$$
Esto demuestra que
$$S_2=\frac{1}{2}\sum_{m\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{m^2}\sum_{n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{n^2}=\frac{1}{2}\big(\zeta(2)\big)\big(\zeta(2)\big)=\frac{1}{2}\left(\frac{\pi^2}{6}\right)^2=\frac{\pi^4}{72}.$$
Ahora, para $S_1$, vemos que el último término es
$$\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{8n^4}=\frac{1}{8}\zeta(4)=\frac{1}{8}\left(\frac{\pi^4}{90}\right)=\frac{\pi^4}{720}.$$
Nos quedamos con el primer término, que es
$$\sum_{m,n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{2mn(m+n)^2}=\zeta(3,1)=\frac{1}{4}\zeta(4)=\frac{1}{4}\left(\frac{\pi^4}{90}\right)=\frac{\pi^4}{360},$$
por Robert Z de la respuesta. Por lo tanto,
$$S_1=\frac{\pi^4}{360}-\frac{\pi^4}{720}=\frac{\pi^4}{720}.$$
La combinación de los dos resultados anteriores, tenemos
$$S=S_1+S_2=\frac{\pi^4}{720}+\frac{\pi^4}{72}=\frac{11\pi^4}{720}=\frac{11}{8}\zeta(4).$$
Aquí es otro gran recurso para aprender acerca de las múltiples zeta función. Corolario 1.64 en la página 26 y discusiones que llevan a esta conclusión son importantes para este problema.
Aquí está una elemental forma de mostrar que la $\zeta(3,1)=\frac{1}{4}\zeta(4)$. Recordemos que
$$\zeta(s_1,s_2,\ldots,s_t)=\sum_{\substack{{n_1,n_2,\ldots,n_t\in\Bbb{N}_1} \\{n_1>n_2>\ldots>n_t}}} \frac{1}{n_1^{s_1}n_2^{s_2}\cdots n_t^{s_t}}.$$
En primer lugar, observar que
$$\frac{1}{m^2n^2}=\frac{1}{(m+n)^2n^2}+\frac{1}{(m+n)^2m^2}+\frac{2}{(m+n)^3m}+\frac{2}{(m+n)^3n}.$$
Tomando la suma de la expresión de arriba más de $m,n\in\Bbb{N}_1$, obtenemos
$$\big(\zeta(2)\big)^2=\zeta(2,2)+\zeta(2,2)+2\zeta(3,1)+2\zeta(3,1)=2\big(\zeta(2,2)+2\zeta(3,1)\big),\tag{1}$$
así
$$\zeta(2,2)+2\zeta(3,1)=\frac{1}{2}\big(\zeta(2)\big)^2=\frac{5}{4}\zeta(4).$$
Ahora, tenga en cuenta que
$$\frac{5}{2}\zeta(4)=\big(\zeta(2)\big)^2=\sum_{m,n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{m^2n^2}=\sum_{n\in\Bbb{N}_1}\frac{1}{n^4}+\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m>n}}}\frac{1}{m^2n^2}+\sum_{\substack{{m,n\in\Bbb{N}_1}\\{m<n}}}\frac{1}{m^2n^2}.$$
Por lo tanto,
$$\frac{5}{2}\zeta(4)=\zeta(4)+\zeta(2,2)+\zeta(2,2),$$
hacer
$$\zeta(2,2)=\frac{3}{4}\zeta(4).\tag{2}$$
La combinación de (1) y (2), obtenemos
$$\zeta(3,1)=\frac{1}{2}\left(\frac{5}{4}\zeta(4)-\zeta(2,2)\right)=\frac{1}{4}\zeta(4).$$