La respuesta depende de su situación. Dunlap, Cortina, Vaslow y Burke (1996) argumentaron que el tamaño del efecto debería calcularse utilizando una DE basada en la varianza combinada de condiciones separadas, como es típico en los estudios de grupos independientes, incluso con medidas repetidas. Su argumento fue que el estudio puede ser replicado con un diseño entre y los tamaños del efecto serán más comparables entre los estudios en el meta-análisis con esa medida del tamaño del efecto. Afirmaron que el tamaño del efecto es el tamaño del efecto y no debería estar influenciado por la correlación en la medición en un diseño de medidas repetidas.
Por desgracia, esta sugerencia se ha generalizado en exceso en algunas literaturas (y en el libro de Cortina, creo). Cuando no es posible diseñar un experimento de otra forma que no sea con medidas repetidas, utilizar el tamaño de los efectos entre S es un error. Subestimará el tamaño del efecto y será inútil en los cálculos de potencia.
Imagínese un estudio de señalización atencional en el que tiene que estudiar un único estado mental, (por ejemplo, orientado en una dirección indicada por una flecha), y tiene que medir el efecto comparando el rendimiento en el lugar indicado y en uno que no lo está. Ese estudio tiene que hacerse dentro y no hay otra forma de hacerlo. En ese caso, la necesidad de tener un tamaño del efecto comparable a las situaciones en las que el estudio se hace con grupos independientes desaparece porque el estudio con grupos independientes no podría producirse. Utilizar el tamaño del efecto entre S no sería una estimación útil para ver el número de S para replicar el estudio, mientras que el interior sí lo sería. El tamaño del efecto entre S tendería a subestimar enormemente lo que realmente se necesita medir, que es el efecto dentro.