Post hoc después de la prueba de ANOVA con medidas repetidas mediante R

Question

He realizado un ANOVA de medidas repetidas en R, de la siguiente manera:

aov_velocity = aov(Velocity ~ Material + Error(Subject/(Material)), data=scrd)
summary(aov_velocity)

• Lo de la sintaxis de R puede ser utilizado para realizar una prueba post hoc después de un ANOVA con medidas repetidas?
• Sería prueba de Tukey con la corrección de Bonferroni ser apropiado? Si es así, ¿cómo podría esto ser hecho en R?

Answer 1

Lo que puedes hacer es especificar el modelo con lme y, a continuación, utilizar glht de la multcomp paquete para hacer lo que quieres. Sin embargo, lme da ligeramente diferente de F-valores de un estándar de ANOVA (ver también mi reciente preguntas aquí).

lme_velocity = lme(Velocity ~ Material, data=scrd, random = ~1|Subject)
anova(lme_velocity)

require(multcomp)
summary(glht(lme_velocity, linfct=mcp(Material = "Tukey")), test = adjusted(type = "bonferroni"))

Para otros contrastes luego de bonferroni, véase por ejemplo, el libro en multcomp de los autores de el paquete.

Puede que también desee ver este post en el R-lista de correo, y esta entrada de blog para especificar un ANOVA de medidas repetidas en R.

Sin embargo, como se muestra en esta pregunta de mí no estoy seguro de si este approachs es idéntica a la de un ANOVA. Además, glht sólo informa de los z-valores en lugar de los habituales t o F de los valores. Esto parece ser poco frecuente, demasiado.

Hasta ahora, no he encontrado otra forma de hacer esto.