Sí, hay una diferencia entre la evolución del tiempo y la evolución unitaria del tiempo. La evolución no unitaria proviene de tener un subsistema.
Consideremos una mezcla estadística de sistemas puros, es decir, supongamos que existe un conjunto de sistemas de manera que una fracción $p_1$ está en el estado $|1>$ , $p_2$ están en el estado $|2>$ y así sucesivamente. Entonces todo el conjunto estadístico puede ser descrito por una denominada matriz de densidad, $\rho = \sum_i |i><i|$ . Podemos considerar la evolución de este operador de densidad, que suele escribirse como la llamada ecuación de Liouville $\frac{d\rho}{dt}=\mathcal{L}\rho$ . Aquí $\mathcal{L}$ es el "Liouvillian", un operador que transiciona $\rho$ en el tiempo como $U$ transita el estado puro en el tiempo para un estado puro.
Si la dinámica está gobernada por un Hamiltoniano, entonces el Liouvilliano (el "propogador" del estado) es simplemente su relación de conmutación con el estado, $\mathcal{L}=-i/\hbar (H\rho-\rho H)$ . Esto corresponde a la evolución hamiltoniana estándar, y es unitaria.
Sin embargo, hay que considerar que sólo se mira un subsistema del sistema ampliado. El estado de dicho subsistema puede describirse mediante un operador de densidad "reducido", que en realidad es un operador de densidad (matriz) que describe sólo el subsistema. Sin embargo, aunque la evolución del sistema ampliado es unitaria y sigue un Hamiltoniano, la evolución de la densidad del subsistema generalmente no seguir un Hamiltoniano y no es unitario. En cambio, suele ser "disipativo". Por ejemplo, el subsistema puede disipar energía en el entorno y enfriarse hasta alcanzar un estado térmico.
No existe una forma simple general para el Liouvillian (el propagador) para los subsistemas. Un caso relativamente sencillo es cuando el subsistema evoluciona de forma markoviana, lo que suele ser el caso de los sistemas que se equilibran térmicamente. Entonces el Liouvilliano tiene un término unitario, impulsado por un Hamiltoniano igual que el anterior, pero también una corrección: un término no-Hamiltoniano, un término que sigue una forma especial llamada "forma Lindblad" en lugar de la conmutación-con-el-estado escrita anteriormente.
Así pues, la evolución no unitaria está en realidad en todas partes. Siempre que no se puedan descuidar las interacciones con el entorno, de modo que, por ejemplo, se equilibre térmicamente con él, se tiene una evolución no unitaria (hay algunas salvedades, pero casi siempre es cierto). Lo difícil es conseguir una evolución unitaria. Tienes que aislar tu sistema del entorno lo suficiente como para poder despreciar la termalización, etc.
La mayor diferencia, quizás, entre estos dos tipos de evolución es que la evolución no unitaria no es (genéricamente) reversible. Así se consigue la termalización. La dinámica no unitaria también puede cambiar las poblaciones, reflejando, por ejemplo, una disminución de los estados altamente energéticos a medida que el sistema se enfría hacia su estado básico.