Lo que las notas que enlaza a que están diciendo es que siempre es posible formar un $\sigma$-álgebra que consta de todos los subconjuntos de un conjunto $S$ (que podría ser $\mathbf{R}$).
Pero cuando hablamos de el teorema de que existen no medible de los subconjuntos de los reales, lo que queremos decir es que no es Lebesgue-medible.
Es decir, un $\sigma$-álgebra de subconjuntos de a $\mathbf{R}$ se define de una manera determinada, y sus miembros son llamados Lebesgue-medible conjuntos. El teorema dice que esta particular $\sigma$-álgebra no no constan de todos los subconjuntos de a $\mathbf{R}$.
EDIT: La definición de un "medibles" Aliprantis del libro Principios de Análisis Real, 3ª edición (p. 112) que usted ha mencionado es el siguiente.
"Un subconjunto $E$ de una medida de espacio $(X, S, \mu)$ será llamado medibles (más precisamente, $\mu$medible) si $E$ es medible con respecto a la exterior de medida $\mu^{*}$ generado por $\mu$."
El libro considera $S$ aquí para ser un semiring en lugar de a $\sigma$-álgebra.
De hecho esta es la definición de un Lebesgue-medible, cuando una cierta medida de espacio $(\mathbf{R}, S, \mu)$ es elegido. Aquí $S$ se compone de todos los intervalos de la forma $(a,b]$, e $\mu$ está definido por $\mu((a,b]) = b-a$.
El libro sigue:
"Cada miembro de $S$ es medible."
Así que lo que el libro dice es que cada intervalo de la forma $(a,b]$ es Lebesgue-medible, no que cada subconjunto de $\mathbf{R}$ es.