Tres razones vienen a la mente:
1) Echa un vistazo a este primer plano de las entrañas de un microcontrolador.
Hay MUCHAS cosas sucediendo ahí dentro. Y cada parte de ese chip necesita energía. La energía que entra desde cualquier pin probablemente tenga que moverse alrededor de muchas cosas para llegar a cada parte del dispositivo. Múltiples líneas de alimentación le dan al dispositivo múltiples vías para extraer energía, lo que evita que el voltaje disminuya demasiado durante eventos de alta corriente.
2) A veces los diferentes pines de energía suministran periféricos específicos dentro del chip. Esto se hace cuando ciertos periféricos necesitan un suministro de voltaje lo más limpio posible para funcionar correctamente. Si los periféricos comparten la fuente de alimentación que el resto del chip utiliza, pueden verse afectados por ruido en la línea y caídas de voltaje. Un ejemplo es la alimentación analógica. Seguramente has notado que es típico ver un pin AVCC en los MCUs. Ese pin es un suministro dedicado solo para los periféricos analógicos en el chip. Realmente, esto es solo una extensión del punto #1 anterior.
3) No es raro que un MCU alimente su núcleo a un voltaje pero opere periféricos a otro. Por ejemplo, un chip ARM con el que trabajé recientemente usaba 1.8V para su núcleo. Sin embargo, los pines de salida digitales suministrarían 3.3V al ser impulsados en alto. Por lo tanto, el chip requería un suministro de 1.8V y un suministro separado de 3.3V.
Lo más importante que debes recordar es que todos esos pines de alimentación son absolutamente necesarios para conectar. No son opcionales, incluso al hacer trabajo de desarrollo.
Respecto al pad inferior en el chip, está ahí para un disipador de calor adicional. El diseñador del chip decidió que la carcasa y los pines del chip pueden no disipar suficiente calor lejos del silicio. Entonces, el pad adicional en la parte inferior actúa como un disipador de calor para ayudar a mantener la temperatura baja. Si se espera que la pieza necesite disipar mucho calor, querrías tener un gran cobre vertido para soldar ese pad.