Utilizando el Teorema de Enumeración de Polya y suponiendo que elegimos el subconjunto de tres elementos de $\{1,n\}$ vemos que tenemos la siguiente clase combinatoria (no etiquetada): $$\mathcal{Q} = \mathfrak{P}_3(\mathcal{Z}+\mathcal{Z}^2+\cdots+\mathcal{Z}^n).$$ Ahora el índice de ciclo para la construcción del conjunto viene dado por $$Z(A_n)-Z(S_n) = Z(S_n)_{a_k=(-1)^{k-1} a_k}.$$ Para $n=3$ obtenemos el índice de ciclo $$ Z = \frac{1}{6} a_1^3 - \frac{1}{2} a_1 a_2 + \frac{1}{3} a_3.$$ La función generadora que sustituimos en $Z$ es $$z+z^2+\cdots+z^n = z(1+z+\cdots+z^{n-1}) = z \frac{1-z^n}{1-z}.$$ Por tanto, la función generadora de todos los subconjuntos por tamaño total (no sólo de aquellos cuya suma es divisible por tres) es $$f(z) = \frac{1}{6} \left(z \frac{1-z^n}{1-z}\right)^3 - \frac{1}{2} z \frac{1-z^n}{1-z} z^2 \frac{1-z^{2n}}{1-z^2} + \frac{1}{3} z^3 \frac{1-z^{3n}}{1-z^3}.$$ Necesitamos el valor en $z=1$ de esta función generadora (excluyendo las potencias no divisibles por tres). Configurando $w=e^{2\pi i/3}$ vemos que el recuento total de los subconjuntos con suma divisible por tres es $$\left.\frac{1}{3}(f(wz)+f(w^2z)+f(w^3z))\right|_{z=1}.$$ Supongamos ahora que $$n\equiv r\bmod 3$$ donde $r\in(1,2,3).$ Entonces tenemos que $$f(wz)_{z=1} = \frac{1}{6} \left(\sum_{q=1}^r w^q\right)^3 -\frac{1}{2} \left(\sum_{q=1}^r w^q\right) \left(\sum_{q=1}^r w^{2q}\right) +\frac{1}{3}n$$ y que $$f(w^2z)_{z=1} = \frac{1}{6} \left(\sum_{q=1}^r w^{2q}\right)^3 -\frac{1}{2} \left(\sum_{q=1}^r w^{2q}\right) \left(\sum_{q=1}^r w^{4q}\right) +\frac{1}{3}n$$ y $$f(w^3z)_{z=1} = \frac{1}{6}n^3-\frac{1}{2}n^2+\frac{1}{3}n = {n\choose 3}.$$ Haciendo la aritmética encontramos que $$f(wz)_{z=1} + f(w^2z)_{z=1} = \frac{1}{3} \frac{w^{2r}-w^r}{w^2-w} - \left( \frac{w^{2r}-w^r}{w^2-w}\right)^2 +\frac{2}{3} n.$$ Esto da para el recuento total el valor $$\frac{1}{9} \frac{w^{2r}-w^r}{w^2-w} - \frac{1}{3} \left( \frac{w^{2r}-w^r}{w^2-w}\right)^2 + \frac{2}{9} n +\frac{1}{3} {n\choose 3}$$ que puede simplificarse aún más en $$\frac{1}{9} (r-3)(3r-2) + \frac{2}{9} n +\frac{1}{3} {n\choose 3}$$ que produce la secuencia $$0, 0, 1, 2, 4, 8, 13, 20, 30, 42, 57, 76, 98, 124, 155, 190, 230, 276, 327, 384,\ldots$$ que es A061866 de la OEIS. Así, obtenemos la siguiente fórmula para la probabilidad $$\frac{1}{3} +{n\choose 3}^{-1} \left(\frac{1}{9} (r-3)(3r-2) + \frac{2}{9} n\right).$$ Sustituyendo $n=100$ en lo anterior obtenemos el resultado final, $$\frac{817}{2450}.$$