Los algoritmos de Eick y O'Brien para calcular una lista completa de grupos de un orden dado no son algoritmos generales, porque hacen uso de propiedades conocidas (es decir, precalculadas) de los grupos simples finitos. Pero estas propiedades conocidas lo son para grupos simples de orden mucho más grande de lo que es remotamente factible encontrar una lista completa de grupos de ese orden, y es probable que siga siendo así. Curiosamente, para las potencias primos $p^n$ que es el caso más difícil, el algoritmo en cuestión es de propósito general. Tendría sentido preguntar si existe un algoritmo para hacer esto que sea polinómico en la longitud de la salida - ¡no tengo la respuesta!
Con respecto a las pruebas de grupos de orden $n$ para el isomorfismo, no se conoce ningún algoritmo para hacerlo que sea polinómico en $n$ Así que si has encontrado un algoritmo de este tipo, sin duda podrías publicarlo en una buena revista. Probablemente no hay mucha diferencia en cómo se dan los grupos, ya que se puede pasar de representaciones matriciales o de permutaciones a presentaciones finitas en tiempo polinomial en $n$ . Es fácil comprobar el isomorfismo en el tiempo $O(n^{{\rm log}\, n})$ (encontrar un conjunto generador de tamaño $O({\rm log}\, n)$ y probar cada conjunto posible de imágenes generadoras para inducir un isomorfismo) y no se conoce ningún método esencialmente mejor.
Por supuesto, los algoritmos implementados utilizan muchos trucos. Un artículo publicado sobre este tema es:
J. Cannon y D.F. Holt. Automorphism group computation and isomorphism testing in finite groups. J. Symbolic Computation 35, 241-267 (2003).