Abrir un archivo raster con permisos de lectura y escritura en rasterio

Question

Estoy tratando de escribir una función que me ayude a construir un archivo de memoria de rasterio y devuelva el objeto lector de conjunto de datos para poder manipularlo según sea necesario. Estoy tratando de evitar las declaraciones with porque me gustaría permitir al usuario leer y escribir según lo consideren necesario. Hasta ahora tengo esto:

from rasterio import mask, features, warp
from rasterio.io import MemoryFile
import rasterio
import numpy as np

def create_memory_file(data, west_bound, north_bound, cellsize, driver='AAIGrid'):
    # data es un array de numpy
    dtype = data.dtype
    shape = data.shape
    transform = rasterio.transform.from_origin(west_bound, north_bound, cellsize, cellsize)
    memfile = MemoryFile()
    dataset = memfile.open(driver=driver, width= shape[1], height = shape[0], transform=transform, count=1, dtype = dtype)
    dataset.write(data,1)

    return dataset
def close_memory_file(memfile):
    memfile.close()

data = np.array([[1,2,3], [4,5,6], [7,8,9]])
memfile = create_memory_file(data, 0, 2, 0.5)
memfile.read(1)

La última línea arroja un error:

Traceback (most recent call last):
  File "D:/11202750-002_RA2CE/Basis/common.py", line 214, in 
    memfile.read(1)
  File "rasterio\_io.pyx", line 209, in rasterio._io.DatasetReaderBase.read
rasterio.errors.UnsupportedOperation: not readable

Aparentemente, el memfile solo tiene permisos de escritura debido a lo siguiente:

>>> memfile

>>> memfile.mode
'w'

He probado varias combinaciones de agregar mode=r+, permissions=r+ a mi llamada a memfile.open() pero no lo permite.

¿Cómo puedo agregar el modo de lectura/escritura en el nivel de la declaración open?

Answer 1

En rasterio <= 1.0.7 esto no es posible. Debes escribir y cerrar, luego leer. Si deseas volver a escribir, simplemente sobrescribe el objeto memfile.

Por ejemplo:

from rasterio.io import MemoryFile
import rasterio
import numpy as np

def create_memory_file(data, west_bound, north_bound, cellsize, driver='GTIFF'):
    #data es una matriz numpy
    if data.ndim ==2: # Manejar arreglos de entrada de 2 o 3D
        data = np.expand_dims(data, axis=0)
    dtype = data.dtype
    shape = data.shape
    transform = rasterio.transform.from_origin(west_bound, north_bound, cellsize, cellsize)
    with MemoryFile() as memfile:
        with memfile.open(
                driver=driver, width= shape[2], height = shape[1],
                transform=transform, count=shape[0], dtype=dtype) as dataset:
            dataset.write(data)
        return memfile.open()  # <==== Reabrir el memfile

data = np.array([[1,2,3], [4,5,6], [7,8,9]]).astype(np.int32)
memfile = create_memory_file(data, 0, 2, 0.5)
print(memfile.read())

data = np.array([[4,5,6], [7,8,9], [10,11, 12]]).astype(np.int32)
memfile = create_memory_file(data, 0, 2, 0.5)
print(memfile.read())

Salida:

[[[1 2 3]
  [4 5 6]
  [7 8 9]]]

[[[ 4  5  6]
  [ 7  8  9]
  [10 11 12]]]

A partir de rasterio 1.0.8 puedes escribir y leer ya que los conjuntos de datos en un MemoryFile se abren en modo r+/w+. Ten en cuenta que el controlador subyacente de GDAL necesita admitir la creación de un nuevo conjunto de datos desde cero no solo la creación de una copia de un conjunto de datos existente.

Por ejemplo:

from rasterio.io import MemoryFile
import rasterio
import numpy as np

def create_memory_file(data, west_bound, north_bound, cellsize, driver='GTIFF'):
    #data es una matriz numpy
    if data.ndim ==2: # Manejar arreglos de entrada de 2 o 3D
        data = np.expand_dims(data, axis=0)
    dtype = data.dtype
    shape = data.shape
    transform = rasterio.transform.from_origin(west_bound, north_bound, cellsize, cellsize)
    with MemoryFile() as memfile:
        dataset = memfile.open(
                driver=driver, width= shape[2], height = shape[1],
                transform=transform, count=shape[0], dtype=dtype)
        dataset.write(data)
        return dataset

data = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]).astype(np.int32)
memfile = create_memory_file(data, 0, 2, 0.5)
print(memfile.read())

data = np.array([[4, 5, 6], [7, 8, 9], [10, 11, 12]]).astype(np.int32)
memfile.write(data, 1)
print(memfile.read()) 

Salida:

[[[1 2 3]
  [4 5 6]
  [7 8 9]]]

[[[ 4  5  6]
  [ 7  8  9]
  [10 11 12]]]