MANOVA permutacional y distancias de Mahalanobis en R

Question

En este documento

Anderson, M.J. (2001). Un nuevo método de análisis multivariante no paramétrico de la varianza . Ecología Austral , 26 , 32-46

Encontré un enfoque MANOVA muy útil que puede, hasta cierto punto, hacer frente a la no normalidad. Me preguntaba si es posible y plausible incluir las distancias de Mahalanobis como método de similitud. De hecho, mi pregunta se refiere a R vegano función del paquete adonis que implementa este tipo de MANOVA pero no permite las distancias de Mahalanobis como medida de similitud. Permite sin embargo a través de designdist función la creación de cualquier medida de distancia para ser utilizada en adonis, pero no puedo totalmente con esa sintaxis.

¿Alguna experiencia al respecto?

Answer 1

Como uno de los desarrolladores del veganismo (aunque no el adonis() función) estoy razonablemente bien situado para comentar; por desgracia, adonis() se supone que vegdist() se utilizará para el cálculo de la matriz de disimilitud en la función. Cambiando adonis() no sería demasiado difícil de hacer para que permita que cualquier función que devuelva un objeto de clase "dist" para ser utilizado en lugar de vegdist() - de hecho sería trivial - pero necesitaría saber qué función pretendes usar para calcular la distancia mahalanobis para poder escribir una función de envoltura y proporcionar un adonis() aquí para su uso. Cambiar el actual adonis() la función en el vegano está más involucrada...

Mientras tanto, lo comentaré con los desarrolladores de vegan; hay varias funciones en vegan que podrían beneficiarse de ser generalizadas para permitir diferentes funciones de disimilitud y algunas ya lo permiten. En este punto del desarrollo del paquete, deberíamos buscar la forma de que las distintas funciones funcionen de forma más similar.