Como alfaciano dice en shapely, la distancia es la Distancia Euclidiana o la distancia Lineal entre dos puntos de un plano y no en el Gran círculo de la distancia entre dos puntos sobre una esfera.
from shapely.geometry import Point
point1 = Point(50.67,4.62)
point2 = Point(51.67, 4.64)
import math
# Euclidean Dustance
def Euclidean_distance(point1,point2):
return math.sqrt((point2.x()-point1.x())**2 + (point2.y()-point1.y())**2)
print Euclidean_distance(point1,point2)
1.00019998 # distance in degrees (coordinates of the points in degrees)
# with Shapely
print point1.distance(point2)
1.0001999800039989 #distance in degrees (coordinates of the points in degrees)
Para el gran círculo de la distancia, usted necesita para utilizar los algoritmos de la ley de los cosenos o la fórmula de Haversine (mira por Qué es la ley de los cosenos más preferible de haversine a la hora de calcular la distancia entre dos de latitud y longitud de los puntos?) o utilizar el módulo pyproj que realiza cálculos geodésicos.
# law of cosines
distance = math.acos(math.sin(math.radians(point1.y))*math.sin(math.radians(point2.y))+math.cos(math.radians(point1.y))*math.cos(math.radians(point2.y))*math.cos(math.radians(point2.x)-math.radians(point1.x)))*6371
print "{0:8.4f}".format(distance)
110.8544 # in km
# Haversine formula
dLat = math.radians(point2.y) - math.radians(point1.y)
dLon = math.radians(point2.x) - math.radians(point1.x)
a = math.sin(dLat/2) * math.sin(dLat/2) + math.cos(math.radians(point1.y)) * math.cos(math.radians(point2.y)) * math.sin(dLon/2) * math.sin(dLon/2)
distance = 6371 * 2 * math.atan2(math.sqrt(a), math.sqrt(1-a))
print "{0:8.4f}".format(distance)distance
110.8544 #in km
# with pyproj
import pyproj
geod = pyproj.Geod(ellps='WGS84')
angle1,angle2,distance = geod.inv(point1.x, point1.y, point2.x, point2.y)
print "{0:8.4f}".format(distance/1000)
110.9807 #in km
Usted puede probar el resultado en Longitud Latitud Calculadora de Distancia